Каждая замкнутая водная система может включать одну или несколько выростных емкостей наряду с тремя другими основными элементами системы. Выпускные патрубки нескольких бассейнов могут быть объединены в общую спускную систему. Сточная вода может пропускаться через фильтры грубой и тонкой очистки и биофильтры перед повторной подачей в бассейны. В таких системах каждый элемент системы очистки должен по своей пропускной способности соответствовать суммарному объему всех выростных емкостей. Преимущества крупных фильтров грубой и тонкой очистки и биофильтров заключаются в экономии площади, особенно внутри помещений, сокращении числа обратных промывок и обводных линий. В общем случае стоимость строительства нескольких крупных емкостей меньше стоимости сооружения нескольких мелких с одинаковым суммарным объемом.
Когда вода из нескольких выростных емкостей забирается для очистки, выход из строя оборудования может привести к потере всех особей в системе. Прекращение подачи энергии может вызвать серьезные последствия для любой замкнутой системы, однако выход из строя одного насоса или аэратора не будет иметь столь опасных последствий, если каждая выростная емкость будет оборудована собственными механическими устройствами, а не общими для нескольких емкостей.
В крупной водной системе заболевания быстро распространяются по разным бассейнам, но этот процесс может быть предотвращен или ограничен, если каждый бассейн имеет собственную систему очистки сточных вод. В замкнутой системе лечебные мероприятия часто приводят к уничтожению полезных бактерий, что вызывает ухудшение качества воды, и увеличению стресса, испытываемого рыбами.
При проведении исследований часто нежелательно смешивать сточную воду из различных бассейнов. Если целью экспериментов является сравнительное изучение содержания в воде различных химических веществ или показателей ее качества (например, температура, содержание растворенного кислорода, аммиака, соленость), смешивание воды после обработки делает нецелесообразным последующее восстановление ее качества. В экспериментах по кормлению часто используются рационы с различным содержанием определенного компонента для определения потребности животного в этом ингредиенте. Если стоки из различных бассейнов перед обработкой объединяются, а затем снова подаются в выростные емкости, испытуемый компонент рациона может раствориться в воде. В таком случае этот ингредиент может оказаться даже в тех бассейнах, где его не должно быть. Для предотвращения этого каждая выростная емкость должна иметь собственную систему очистки.