Многие хозяйства аквакультуры расположены в районах с большими запасами грунтовых вод, хотя развитие промышленности и ирригации значительно сократило эти запасы. В районах, богатых грунтовыми водами, воду различных качества и количества можно получать с разных горизонтов. Потенциальные расходы и качество воды можно определить по разрезам скважин в районе предполагаемого строительства.
Перед тем как приступать к бурению скважины, необходимо точно определить максимальную потребность в воде (в л/мин). Хотя стоимость бурения с увеличением диаметра скважины возрастает, недостаток воды впоследствии может привести к потере всей продукции. Во многих случаях, когда качество воды становится неудовлетворительным, требуется добавление больших количеств свежей воды, иначе большая часть культивируемых животных может погибнуть. Скважина, рассчитанная на несколько больший, чем необходимо в настоящее время, расход воды, позволит в будущем расширить существующее предприятие. Кроме того, выгоднее пробурить одну скважину большого диаметра, чем две малого диаметра с одинаковым расходом.
Конкретные потребности в воде зависят от типа системы и культивируемых видов. Как правило, воды должно быть достаточно для того, чтобы заполнить индивидуальный пруд за неделю, а лучше за 24—48 ч. Если в хозяйстве много прудов, продолжительность их заполнения не должна превышать 3—4 нед. Если эти требования удовлетворяются, запас воды окажется достаточным и в экстренных случаях, возникающих в процессе выращивания, поскольку после заполнения в непрерывной подаче больших количеств воды нет необходимости.
В открытых системах воды должно быть достаточно для замены ее несколько раз в день. В зависимости от плотности и видов культивируемых организмов могут потребоваться одна или две смены воды в час. Таким образом, вода необходима 24 ч в день, семь дней в неделю в течение всего сезона выращивания. Скважины, дающие воду для таких систем, должны обеспечивать дополнительный, расход на случай механических повреждений, а также если биомасса в емкостях для культивирования превысит возможности системы для поддержания требуемого качества воды при стандартном расходе.
Большинство скважин крепится обсадными трубами, предотвращающими поступление воды с других горизонтов, где качество воды ниже, и посторонних включений. Насосы и трубопроводы, применяемые в хозяйствах аквакультуры, подробно описаны в книге Уитона (1977). В большинстве случаев требуемый расход составляет, по крайней мере, 1000 л/мин даже для небольшого хозяйства аквакультуры. Крупные хозяйства требуют значительно более высоких расходов.
В некоторых районах страны, особенно с развитыми сельским хозяйством и промышленностью, неглубокие скважины могут давать воду, загрязненную поверхностными стоками, содержащими фекалии, пестициды, биогенные элементы и другие химические вещества, хотя содержание кислорода в воде может быть высоким. Вместе с тем вода из глубоких скважин часто свободна от загрязняющих веществ, но содержит недостаточно кислорода. На глубине, превышающей несколько сотен метров, температура воды часто повышенная, что можно с успехом использовать при культивировании водных организмов. Однако при определении экономической эффективности использования воды повышенной температуры необходимо учитывать дополнительные расходы, связанные с бурением более глубокой скважины. В некоторых районах, например в прибрежных участках юго-восточной части США, вода из глубоких скважин может оказаться слишком теплой для аквакультуры и ее придется охлаждать перед использованием. Даже более глубокие скважины (около 700 м) в прибрежных районах штатов Южная Каролина и Джорджия могут давать воду, по содержанию соли пригодную для марикультуры.