Выбор подходящего типа водной системы для любого предприятия по разведению водных организмов является решающим фактором для получения максимальной продукции и рационального использования имеющегося земельного участка и источника водоснабжения.
Водные системы могут быть различных типов, но их конструкция должна обеспечивать максимально благоприятные условия для содержания культивируемых организмов с учетом экономических факторов. Основным принципом аквакультуры, который относится ко всем аспектам любого способа культивирования, является создание таких условий, в которых культивируемые организмы не испытывают действия стресса. Это условие относится прежде всего к водной системе.
Культивирование водных организмов может осуществляться в проточной или непроточной воде. Одной из наиболее распространенных систем для культивирования организмов в непроточной воде являются пруды. К системам культивирования с проточной водой относятся бассейны, каналы, силосные емкости и садки. В непроточных системах должны быть предусмотрены устройства для подачи и отвода воды при заполнении и осушении пруда. Источник водоснабжения должен восполнять потери на испарение и просачивание, а также обеспечивать поддержание требуемого качества воды. В проточных системах вода постоянно подается в выростные емкости и вытекает из них, хотя скорость водообмена (т. е. время, необходимое для замены всего количества воды) может значительно различаться в разных системах.
Проточные системы культивирования могут быть открытыми или замкнутыми. В открытых системах вода, выходящая из емкости, больше в нее не возвращается, в то время как в замкнутых системах воду используют многократно, пропуская ее через устройство или серию устройств, в которых ее качество восстанавливается. Кроме того, существуют полузамкнутые системы, в которых часть воды циркулирует, а часть ежедневно заменяется.
Как правило, в непроточных водных системах осуществляется экстенсивное культивирование, а в проточных — интенсивное. При прудовом разведении канального сомика можно ежегодно получать 3000 кг/га или более, в то время как некоторые типы открытых или замкнутых проточных систем могут давать 10в6 кг/га. Эта цифра, однако, не совсем точна, так как она основана, скорее, на доступной площади водной поверхности, чем на объеме.