Критерий различия между аквакультурой и более традиционными аспектами управления рыбными запасами связан со степенью контроля человека над окружающей средой. Специалисты в области рыболовства пытаются управлять природными водными экосистемами обычно с целью развития спортивного или промышленного рыболовства. Различные методы используются для поддержания естественной продуктивности, а также для интенсификации роста и повышения выживаемости желаемых объектов. Некоторые из этих способов включают регулирование, избирательное зарыбление водоемов, управление природной средой, контроль за развитием водорослей и мелиорацию.
Вообще говоря, специалист в области аквакультуры осуществляет гораздо больший контроль за состоянием природной среды, чем специалист по управлению рыбными запасами. Специалист в области аквакультуры управляет водными системами с целью получения максимальной продукции из одного или небольшого числа видов и старается по мере возможности устранить любую конкуренцию и причины гибели объектов. Регулирование рыбных запасов и аквакультура с высокой плотностью посадки объектов представляют собой две стороны хозяйственной деятельности, направленной на повышение рыбопродуктивности. Управление осуществляется обычно в тех водоемах, где общая биомасса организмов в данный период времени относительно невелика, а площадь поверхности воды, необходимая для разведения нескольких сотен килограммов рыбы, превышает 1 га. Такой тип управления называется экстенсивным культивированием и известен во всем мире как прудовое рыбоводство. Выращивание сомиков в количествах, не превышающих примерно 1500 кг/га, можно отнести к экстенсивному культивированию. Примером интенсивного культивирования являются хозяйства по выращиванию сомика в прудах при продуктивности 3000 кг/га. Еще более интенсивное выращивание гидробионтов производится в каналах, бассейнах, силосных емкостях и садках, продуктивность в которых достигает 10в6 кг/га.
С ростом интенсивности культивирования обостряются проблемы, связанные с переуплотнением культивируемых организмов (эпизоотии, ухудшение качества воды, конкуренция за корм и в некоторых случаях каннибализм). По мере интенсификации требуется все больший контроль. Интенсификация связана также с увеличенным потреблением энергии и усложнением оборудования, обеспечивающего жизнедеятельность выращиваемых организмов. Высокоинтенсивные методы аквакультуры развиваются и постоянно совершенствуются. Вместе с тем в большинстве промышленных хозяйств тепловодной аквакультуры применяется менее интенсивный прудовый метод выращивания.