При использовании в хозяйствах аквакультуры поверхностных вод чаще, чем при использовании других источников водоснабжения, возникает проблема заражения воды и культивируемых объектов посторонними организмами (патогенными и непатогенными). Болезнетворные организмы и паразиты, присутствующие в поступающей воде, могут проникнуть во все элементы системы и осложнить ее работу. Удалить бактерий, простейших и особенно вирусов из поступающей воды трудно. Непатогенные организмы легче поддаются контролю, тем не менее в некоторых районах непатогенные организмы проникают в емкости для культивирования и конкурируют с выращиваемыми объектами,
В пресных водах различные представители семейства Centrarchidae, например ушастый окунь, обычно присутствуют среди культивируемых видов. Мелкие карпы, буффало, сельдь-доросома и др. также могут проникать в системы для культивирования, минуя насосы и арматуру. Борьба с ушастыми окунями и другими нежелательными рыбами в бассейнах и выростных каналах не так трудна, как в прудах. Для предотвращения попадания в систему нежелательных объектов поступающую воду можно пропускать через фильтр из нейлона или мелкую металлическую сетку (рис. 2.1). В противном случае нежелательные организмы быстро начнут расти за счет культивируемых. В системах интенсивного культивирования и в прудах хищников можно удалить с помощью фильтрации, но предотвратить их попадание в садки или отгороженные участки крупных водоемов почти невозможно. В небольшие пресноводные озера и водоемы перед зарыблением садков можно вносить химикаты, токсичные для рыб, но в крупных водоемах это нецелесообразно.

Обрастание может создать серьезную проблему в морских и пресноводных системах культивирования. В обоих случаях арматура трубопроводов зарастает губкой и мшанкой. В соленой воде морские желуди, оболочники и другие животные часто засоряют трубы и настолько плотно заселяют выростные емкости, что качество воды резко ухудшается. Во многих солоноватоводных системах культивирования используется сдвоенный трубопровод для подачи воды от источника до выростных емкостей. Вода поступает по одному из трубопроводов, в то время, как второй заполняется пресной водой и выдерживается, с тем чтобы обрастатели погибли. В зависимости от интенсивности обрастания оба трубопровода работают попеременно с интервалами от одной до нескольких недель.

---