В некоторых районах могут быть пробурены и мелкие скважины соленой воды. В Западном Техасе, в районе р. Пекос, соленые воды расположены прямо под поверхностью в количествах, достаточных для обеспечения водой крупного предприятия по разведению водных организмов. Соленость такой воды, как правило, составляет менее 1/4 океанической, но в ней можно выращивать некоторых эвригалинных и многих пресноводных организмов. Если в районе предполагаемого строительства имеется именно такая вода, в ней необходимо определять относительное содержание различных солей и сравнивать его с морской водой. Необходимо выполнять также и другие стандартные химические анализы, чтобы убедиться, что вода действительно пригодна для культивирования водных организмов. По-видимому, самый лучший способ проверки пригодности воды для аквакультуры заключается в опытном выращивании небольшого числа предназначенных для культивирования животных. Если предполагается также и разведение животных, необходимо провести дополнительные опыты для определения пригодности воды в течение сезона размножения.
Не все глубокие скважины свободны от загрязнений, связанных, по-видимому, с поверхностными смывами. При обследовании трех скважин (две существовали уже несколько десятилетий, а одна была пробурена в 1977 г.), которые выходят на уровень грунтовых вод на глубине 500 м в пойме р. Бразос в восточной части центрального Техаса, содержание аммиака в каждой из них составляло 2 мг/л, хотя в воде из глубоких скважин аммиака вообще не должно быть. Происхождение аммиака осталось невыясненным, но было высказано предположение, что грунтовые воды имели выходы на поверхность вблизи города, расположенного в нескольких километрах от скважины, и загрязнение происходило именно в этих местах. Загрязнение глубоких скважин поверхностными смывами может происходить также, если скважина неправильно закрыта или в закрытии имеются дефекты. Поверхностное загрязнение особенно опасно в районах с пористым грунтом.
В последнее время все острее становится проблема понижения уровня грунтовых вод в результате возрастающей потребности в воде. По мере понижения уровня грунтовых вод в каком-то одном районе скважины начинают пересыхать и требуются более глубокие скважины для добычи воды. В конце концов водоносный слой может оказаться неспособным удовлетворить потребности всех водопользователей, и потребители, которым вода необходима постоянно или часто и в больших количествах, вынуждены отказываться от скважин. Затраты на бурение новой, более глубокой скважины или поиск других источников воды могут стать препятствием на пути создания предприятий аквакультуры. В некоторых случаях (особенно в штате Арканзас) владельцы хозяйств по разведению сомика-кошки вынуждены были ликвидировать свои предприятия и перенести их в штаты с более надежными источниками водоснабжения (например, в штат Луизиана). В прибрежных районах понижение уровня грунтовых вод может привести к засолению воды. Если подземные воды изымаются и не восстанавливаются, возможно также оседание грунта.
В хозяйствах аквакультуры часто используются поверхностные источники соленой воды, хотя воду отличного качества можно получать и из неглубоких скважин. Если качество поверхностной воды низкое (значительное загрязнение, высокая мутность, повышенная соленость), проблему может решить неглубокая скважина, дающая соленую воду. Такие скважины могут быть пробурены прямо под поверхностными водами или на участке земли, примыкающем к источнику поверхностной соленой воды. Устья многих прибрежных рек, марши и пляжи имеют под собой песчаные «линзы», через которые проникает поверхностная вода и которую можно откачивать. Часто такие песчаные «линзы» способствуют очищению воды от загрязнителей и обеспечивают более стабильную соленость, чем у поверхностных вод.