В форелевых хозяйствах в качестве источников воды часто используются горные ручьи или ключи, которые дают воду высокого качества для использования в выростных каналах и инкубационных цехах. Обычно отработанную воду возвращают в ручей в месте, расположенном несколько ниже того, откуда ее забирали. К сожалению, тепловодные хозяйства редко бывают расположены в таких районах, где имеется в больших количествах чистая незагрязненная вода из ручьев и ключей да еще и требуемой температуры. Вода горных ручьев и ключей слишком холодна, чтобы обеспечить быстрый рост теплолюбивых видов, и в большинстве случаев поверхностные воды, доступные в подходящих по климату районах США, должны подвергаться той или иной обработке для использования в хозяйствах аквакультуры. Тем не менее во многих хозяйствах поверхностные воды — единственный источник водоснабжения. Иногда дополнительным источником может служить вода из артезианских скважин.
Хозяйства по культивированию канального сомика в основном сосредоточены на юге США, в сельскохозяйственных районах. Если в качестве источника водоснабжения для культивирования рыбы выбраны река или ручей в районах земледелия, необходимо проверить их на загрязненность химикатами, используемыми в сельском хозяйстве. Эти химикаты могут попадать в естественные водоемы с дождями. Пестициды и гербициды представляют серьезную опасность для культивируемых видов, в то время как избыток удобрений может привести к развитию в водоемах токсичной растительности. В поверхностных водах могут содержаться также различные промышленные и бытовые отходы и остатки несъеденного корма. Поскольку концентрации химических веществ такого типа могут варьировать по сезонам или в зависимости от интенсивности осаждения, химический анализ необходимо повторять несколько раз. В качестве загрязнений в поверхностных водах могут содержаться также нежелательные виды и болезнетворные организмы.
Если для водоснабжения хозяйства аквакультуры используются река или ручей, необходимо определять максимальный и минимальный ежегодные стоки, воды должно хватать в течение всего года (Milne, 1976). Водоемы и природные озера, которые обычно являются надежными источниками водоснабжения, в некоторых случаях также могут пересохнуть, либо уровень воды настолько понизится, что оставшуюся воду невозможно будет забирать. Заборные устройства хозяйств аквакультуры должны быть расположены таким образом, чтобы при любом изменении уровня воды доступ к ней не был затруднен.
Озера и водоемы реже используются, в качестве источника водоснабжения, чем реки и ручьи, но и такие крупные водоемы можно с успехом использовать в различных системах культивирования. В проточных системах, вода из которых вновь возвращается в источник, отработанную воду желательно отводить в пруд для отстаивания и лишь после этого подавать в циркуляционную систему.