Одна из наиболее часто встречающихся и трудных проблем, связанных с использованием поверхностной воды в системах аквакультуры, заключается в высоком содержании в ней в отдельных случаях взвешенных веществ (глина, ил, мелкий песок). При высоком содержании этих веществ они осаждаются в прудах и других выростных емкостях и со временем могут их даже целиком заполнить. Эти осадки особенно нежелательны в бассейнах и в некоторых случаях могут вызвать гибель животных. Если дно бассейна покрыто каким-либо субстратом (для содержания определенных организмов дно иногда приходится покрывать слоем устричных раковин, песка или гравия), то он задерживает мелкие частицы взвеси и они не выносятся водой. Осадки могут быть причиной гибели некоторых бентосных организмов.
Растворенные газы
Содержание кислорода в воде из некоторых источников, особенно скважин, низкое, зато содержание других растворенных газов, в частности углекислого газа и азота, высокое. Воду с низким содержанием кислорода перед использованием необходимо аэрировать. Для этого можно использовать механические аэраторы, описанные ниже, однако разбрызгивание или распыление воды в выростных емкостях также достаточно эффективно.
Если концентрация углекислого газа или азота в воде из скважин высока, она может оказаться токсичной для рыб. Растворимость углекислого газа и азота в воде, как правило, зависит от давления. При атмосферном давлении концентрации этих газов быстро снижаются до безопасных уровней. Аэрация, необходимая при низком содержании в воде кислорода, способствует удалению из нее избытка углекислого газа и азота.
Еще одной проблемой, которая часто возникает при использовании как соленой, так и пресной поверхностной воды, является высокое содержание сероводорода. Сероводород токсичен для водных организмов и обладает специфическим запахом тухлых яиц. Сероводород, если он присутствует, необходимо удалять до того, как вода поступает в выростные емкости. Это осуществляется с помощью аэрации или разбрызгивания воды.