При паразитологических исследованиях рыб или беспозвоночных для обнаружения живых наружных и жаберных паразитов необходимо обследовать только что выловленных животных не только из-за того, что паразиты часто покидают мертвых животных и тем самым затрудняют определение причин заражения, но и потому, что идентификация и обнаружение паразитов облегчаются, когда исследуются живые экземпляры. Если животных для исследования необходимо перевозить на некоторое расстояние, может возникнуть необходимость их фиксации формалином. Однако, поскольку в формалине паразиты могут деформироваться, что затрудняет их идентификацию, такой фиксации следует по мере возможности избегать.
При паразитологическом исследовании рыбы сначала необходимо отделить и поместить на предметное стекло микроскопа жабры и плавники или их части. Затем накрыть покровным стеклом и добавить каплю воды. Соскобы с тела исследуются аналогично. Небольшое увеличение микроскопа часто используется для идентификации гельминтов, ракообразных и крупных паразитических простейших. Для выявления мелких простейших необходимо большое увеличение.
При паразитологическом исследовании крови рыб хорошие результаты дает метод Страута (Strout, 1962). Несколько капель крови помещают в пробирку и дают крови свернуться. Затем каплю чистой сыворотки с помощью пипетки наносят на предметное стекло микроскопа и рассматривают под большим увеличением. В соответствии с другим методом каплю крови помещают на предметное стекло и высушивают, после чего окрашивают красителями Гимза или Райта (Kudo, 1954) и исследуют под микроскопом.
Кровь у рыб можно получить несколькими способами. У сеголетков обычно отрезают хвост поперек хвостового стебля и собирают вытекающую кровь в пробирку. У взрослых рыб кровь берут методом сердечной или хвостовой пункции с помощью шприца. Получение крови методом сердечной пункции требует большей практики, чем хвостовой, однако оба метода позволяют получить достаточное количество крови без особого вреда для рыбы. При хвостовой пункции рыбу кладут брюшком вверх и вводят иглу в среднюю линию хвостового стебля до упора в позвоночник. Затем иглу медленно вынимают и кровь попадает в шприц.
После окончания наружного паразитологического исследования животное можно вскрыть и исследовать внутренние органы (особенно кишечник, мезентерии, печень, гонады, почки, желчный и мочевой пузыри). Небольшие кусочки ткани можно помещать на предметные стекла описанным выше способом. Большинство патогенных паразитов, вызывающих заболевания рыб в хозяйствах аквакультуры, относятся к наружным, но возможны и внутренние паразиты, которые также могут привести к возникновению эпизоотии.