Как уже отмечалось, хронические инфекции неопасны, поскольку большинство животных обладают естественными защитными механизмами (включая фагоцитоз и иммунные реакции). Эти механизмы предотвращают развитие эпизоотии в том случае, если популяция не подвергается действию каких-либо внешних неблагоприятных факторов (стрессу). Тяжелые эпизоотии наблюдаются как раз после таких стрессовых воздействий. Время, которое проходит с начала установления стрессовых условий до вспышки заболевания или паразитарной эпизоотии, составляет обычно от 24 ч до 14 дней в зависимости от инкубационного периода возбудителя. (Характеристика этого промежутка времени описана более подробно ниже при рассмотрении конкретных болезней.)
В хорошо налаженной водной системе, где отсутствует стресс, серьезных заболеваний и паразитарных инвазий обычно не наблюдается. Исключения из этого общего правила, конечно, бывают, но в большинстве случаев правильная биотехнология обеспечивает отсутствие болезней. Иногда, несмотря на усилия рыбоводов, культивируемые организмы все же подвергаются стрессовым воздействиям. Например, в открытых водных системах, где весной и осенью наблюдаются резкие изменения температуры воды, возможны вспышки заболеваний. Не только естественное изменение температуры является стрессовым фактором; во многих случаях болезни и паразиты развиваются и в узких температурных пределах, которые устанавливаются на короткое время (и, как правило, сезонно). Поскольку во многих хозяйствах контролировать изменения температуры воды в открытых системах экономически невыгодно, необходимо предвидеть возможные вспышки заболеваний и внимательно следить за культивируемыми организмами.
Некоторые рыбоводы стремятся избегать любых химических воздействий на культивируемых организмов (если в них нет абсолютной необходимости), другие проводят профилактическую обработку, даже когда это и необязательно. Третьи прибегают к профилактическим мерам только в том случае, если возникает опасность развития эпизоотии, например в периоды сезонных скачков температуры, во время добавления больших масс воды другой температуры, после ухудшения качества воды, разбавления эстуарной воды большим количеством атмосферных осадков, во время рыбоводных операций или при транспортировке и в других стрессовых ситуациях. Полностью избежать применения лекарственных и других химических препаратов невозможно, однако их использование следует ограничивать.
Опасность эпизоотии зависит от нескольких факторов. Одним из главных, безусловно, является физическое состояние животных до вспышки заболевания, в то время как различные стрессовые факторы могут быть причиной его ухудшения. Паразитарная эпизоотия сопровождается, как правило, вторичной бактериальной инфекцией. Часто у культивируемых рыб обнаруживаются одновременно различные заболевания и паразиты.
Использование химических веществ в качестве профилактических и лечебных препаратов является дополнительным источником стресса, поскольку во многих случаях необходимое количество препарата сопоставимо с дозой, летальной для самого хозяина. При выборе дозировки следует соблюдать большую осторожность — доза должна быть эффективной, но нетоксичной для культивируемых животных. При этом неучтенным, как правило, остается влияние на действие лечебных препаратов таких параметров воды, как соленость, температура, щелочность и мутность.
Контроль за развитием болезней и паразитарных инвазий в значительной степени зависит от стадии патогенного процесса, на которой они обнаружены. Большое значение имеют их раннее выявление и правильный диагноз заболевания. Если первым замеченным признаком эпизоотии является массовая гибель животных, то уже может быть поздно предпринимать какие-либо эффективные меры для спасения оставшейся части популяции. Перед тем как обрабатывать всю популяцию лечебным препаратом, необходимо проверить эффективность его действия на небольшом числе животных. Однако, если массовая гибель животных уже наступила, времени на апробирование различных способов лечения не остается, хотя в случае ошибочного в данных обстоятельствах выбора метода смертность может увеличиться. Для правильной диагностики заболевания необходимо постоянное визуальное наблюдение за животными.