Естественная смертность, наступающая в результате старения, в аквакультуре наблюдается только у животных-производителей; товарные особи обычно реализуются на относительно ранних стадиях жизненного цикла (часто до достижения половой зрелости). Однако в большинстве случаев производителей не содержат до их естественной смерти, так как с возрастом уменьшается плодовитость. Иногда животные становятся слишком крупными, что затрудняет их содержание (например, канальный сомик). Для других видов характерна высокая смертность после нереста (например, некоторые представители семейства Salmonidae). Причинами, вызывающими смертность при культивировании гидробионтов, являются также ухудшение качества воды, нарушение баланса питательных веществ, неправильное хранение корма, браконьерство, загрязнение воды и хищничество.
Болезни и паразиты (наряду с ухудшением качества воды) являются более серьезными причинами гибели, чем приведенные выше. Разумеется, болезни и паразитарные эпизоотии наблюдаются не во всех хозяйствах (и к тому же неежегодно), но время от времени многие хозяйства испытывают по этим причинам убытки. В год около 5% всех американских рыбоводов сталкивались с серьезными проблемами, связанными с этими явлениями (Меуеr, 1967), тем не менее ранняя диагностика и лечение болезней и инвазий часто являются решающими для предотвращения гибели культивируемых животных.
Основными возбудителями болезней и эпизоотий в аквакультуре являются вирусы, бактерии, грибы и простейшие. Кроме того, у культивируемых животных обычно находят также паразитических нематод, трематод и цестод, но их немного, и они редко вызывают серьезные заболевания.
Практически невозможно обнаружить популяцию животных, которая была бы совершенно свободна от болезнетворных или паразитических организмов. Микробиологическое и микроскопическое исследования почти любой рыбы или беспозвоночного обычно выявляют, по крайней мере, несколько типов потенциально патогенных организмов. Инфекция поражает обычно животных всех видов, причем во всех случаях она проявляется сходным образом. Однако наличие в популяции зараженных особей еще не означает, что эпизоотия обязательно возникнет.