Для бактериального исследования гидробионтов, как и наземных организмов, необходимы выделение бактерий из пораженной ткани, культивирование материала на одном или более типах питательной среды и дополнительные операции, например окрашивание. После идентификации бактерий до начала лечения выращенную колонию можно подвергнуть действию антибиотиков для определения чувствительности организмов к различным препаратам. Для предотвращения заражения в процессе исследования необходимо соблюдать стерильность.
Все материалы, находившиеся в контакте с бактериальными культурами, должны быть простерилизованы. Персонал, проводящий бактериологические исследования, должен быть одет в чистую лабораторную одежду, мыть руки до каждого исследования и после него, не курить и не пить в лаборатории. Должна быть полная уверенность, что бактерии, культивируемые на питательной среде, получены во время вскрытия животного, а не внесены туда в результате загрязнения.
Амлахер (Amlacher, 1970) подчеркивал, что перед вскрытием рыбы должны быть обследованы на наличие наружных бактерий. Для этого с поверхности тела и с жабр берут мазки, которые затем наносят на пластины со средой. При отлове животных необходимо соблюдать осторожность, избегая их загрязнения. Живых особей следует транспортировать в чистых контейнерах со льдом или пластиковых мешках, частично заполненных водой. Погибших или погибающих животных можно помещать в стерильные пластиковые пакеты и перевозить со льдом.
Для выделения культуры бактерий из внутренних органов перед вскрытием рыб необходимо закрепить на доске и протереть спиртом или другим дезинфицирующим веществом (Amlacher, 1970). Пробы из печени, селезенки, сердца и почки можно брать с помощью стерильной петли, которой потом наносятся штрихи на пластины со средой.
Большинство патогенных бактерий, поражающих рыб, грамотрицательны. Часто идентификация бактерий возможна путем комбинирования методов окрашивания, изучением формы и цвета полученных колоний, а также определением, на каких культуральных средах способна расти колония. Например, при изучении бактерий канального сомика обнаружено, что Pseudomonas sp. образует на кровяном агаре большие широкие колонии светло-серого цвета, тогда как Flexibacter columnaris на этой среде не растет.