При лечении эпизоотий и для их профилактики необходимо правильно" выбирать и применять соответствующие препараты. Некоторые лекарства можно смешивать с кормом в процессе его приготовления, добавлять в пищевые гранулы путем их поверхностного покрытия (часто — растворением препарата в жировом носителе и распылением корма вместе со смесью), вводить в виде инъекций или использовать в ваннах. Другие медикаменты эффективны только при добавлении в воду.
При лечении болезни или паразитарной инвазии прежде всего необходимо изолировать пораженных особей или емкости, в которых отмечено заболевание. В большинстве случаев это относительно легко, так как емкости для культивирования обычно не сообщаются между собой. Как уже отмечалось, следует избегать контактов здоровых животных с сетями и другим инвентарем, которые использовались в работе с больными особями и не были как следует обработаны.
Как только пораженные животные изолированы, следует подготовить все необходимое для проведения выбранного способа лечения. Например, если предполагается выдерживать заболевших животных в ваннах с непроточной водой, следует прекратить водоподачу. При обработке в ваннах с проточной водой скорость тока воды должна быть отрегулирована так, чтобы препараты находились в воде необходимое время без создания условий стресса для культивирования животных.
В некоторых случаях возможно проводить лечение путем изменения физических или химических параметров среды, в которой содержатся животные. Развитие некоторых паразитов, например Ichthyophthirius multifillis, можно затормозить повышением или снижением температуры воды или увеличением ее солености (добавлением соли). Этот представитель простейших подавляется и химическими препаратами, но упомянутые два метода достаточно эффективны и в меньшей степени, чем лекарства, создают стресс для культивируемых животных.
Другой нехимический способ лечения состоит в прерывании жизненного цикла паразита путем воздействия на некоторые его звенья. Жизненные циклы различных трематод, поражающих рыб, довольно сложны и включают обычно одного или более промежуточных хозяев, одним из которых часто служит улитка. Если удалить моллюсков из выростных емкостей, жизненный цикл паразита будет нарушен и дальнейшая инвазия затормозится. Многие виды болотных птиц не только непосредственно поедают культивируемых животных, но и являются разносчиками паразитов, которые могут передаваться рыбам. Уничтожать мигрирующих болотных птиц запрещено, однако можно применять различные отпугивающие устройства или закрывать открытые бассейны и каналы сетками или решетками.
Методы лечения зависят до некоторой степени от типа системы культивирования, особенно когда лекарственные препараты вносятся непосредственно в воду. Напомним, что при обработке замкнутых циркуляционных систем необходимо соблюдать осторожность, чтобы не уничтожить микрофлору биофильтра. Обработку открытых каналов или бассейнов можно осуществлять без уменьшения или приостановки подачи воды или после ее прекращения, однако для достижения требуемого результата в этих двух случаях требуются различные количества препаратов. В любой интенсивной водной системе при сокращении проточности всегда необходима аэрация. Обработку садков можно проводить различными способами, прудов — добавлением препаратов в воду при постоянных условиях. Уровень воды в прудах можно несколько понизить, чтобы уменьшить расход препарата (который может быть дорогостоящим). При добавлении лекарств в корм специальные меры предосторожности обычно не требуются. Опасения, что антибиотики способны нанести вред микрофлоре биологических фильтров, на практике не подтверждаются, но необходимы дальнейшие исследования этого вопроса.
Обработка крупных водоемов может быть затруднительна. Небольшие пруды (например, площадью 0,5 га или меньше) обычно обрабатывают с берега. Препараты растворяют или разводят в воде и равномерно разбрызгивают по поверхности водоема. При обработке прудов такой площади успешно применялись ручные пульверизаторы, а также ковши с длинными ручками.