В системах аквакультуры для окисления органических веществ и обезвреживания бактерий в циркулирующей воде применяются озонаторы. Однако озон исключительно токсичен, и после обработки воде необходимо давать отстояться, чтобы озон вновь превратился в молекулярный кислород (из О3 в О2), прежде чем ее можно будет подавать в выростные емкости или на биофильтр. Поскольку время полураспада озона составляет 15 мин (Layton, 1972), озонатор целесообразно использовать, если система имеет небольшой расход или если часть воды можно исключать из основного потока на время обработки до тех пор, пока озон не превратится в молекулярный кислород. Уитон (Wheaton, 1977) считает, что в системах аквакультуры следует избегать измеримых доз озона. Содержание озона в воде может быть снижено или он может быть вовсе выведен из воды пропусканием ее через активный уголь (Sander and Rosenthal, 1975).
По данным Келли (Kelly, 1974), обработка воды от одной до нескольких минут озоном при концентрации его менее 2 мг/л обеспечивала 90%-ную гибель бактерий, вирусов и некоторых простейших. Использование озона может предотвратить циркуляцию бактерий в замкнутой системе, при этом озон не будет оказывать отрицательного действия на бактериальную активность биофильтра, если обработанную озоном воду пропускать через активный уголь.
Для бактерицидной обработки воды с успехом применялось также УФ-облучение. Эффективность действия УФ-лучей на бактерий и других микроорганизмов зависит от длины волны. Диапазон длин волн УФ-излучения 150—4000 А, но наиболее эффективная длина волны для бактерицидного облучения составляет примерно 2600 А (Koller, 1965).
УФ-лампы могут быть подвешены над выростными емкостями или другими элементами системы либо могут быть погружены в воду. В подвесных устройствах могут быть использованы стандартные флуоресцентные лампы, которые наряду с УФ-лучами обеспечивают также и белый свет. Выпускаемые промышленностью погружные устройства, способные обрабатывать большие объемы воды, легко включаются в открытые или закрытые системы культивирования. В погружных устройствах вода пропускается через лампы, заключенные в стеклянные или кварцевые трубки. Слой воды, проходящий через лампы, должен быть как можно тоньше для достижения максимальной эффективности, в связи с этим во многих устройствах применяется несколько близко расположенных между собой УФ-ламп, заключенных в цилиндрический водонепроницаемый кожух. Проблемы, связанные с использованием таких устройств, включают загрязнение поверхности стеклянных или кварцевых трубок, что вызывает необходимость их очистки для поддержания эффективности обработки и замены ламп примерно раз в год.