В системе интенсивного культивирования должны быть предусмотрены резервные механические устройства либо должны быть разработаны специальные мероприятия на случай выхода из строя насоса или другого механического оборудования. Поскольку в замкнутой системе циркуляции, как правило, предусматривается аэрация, обычно применяется устройство, обеспечивающее достаточное содержание в воде кислорода на случай выхода из строя насоса. На это время в линию включается запасной насос или незначительная неполадка быстро устраняется. В системах культивирования применяются воздуходувки, воздушные компрессоры, механические перемешиватели и баллоны со сжатым воздухом или кислородом. За исключением баллонов со сжатым газом, все устройства работают на электричестве, и в случае аварии в электросети бездействуют. Во многих хозяйствах аквакультуры в качестве запасного оборудования применяется газолиновый или дизельный генератор, от которого могут работать и насосы, и аэраторы.
Некоторые специалисты, занимающиеся разведением гидробионтов, экономят на запасном оборудовании, однако в случае выхода из строя основного оборудования такая экономия может привести к полной потере выращенного «урожая». Запасное оборудование необходимо в любом хозяйстве аквакультуры, но отдельные виды вспомогательного оборудования можно считать не обязательными, а желательными. Во многих случаях желательно иметь устройство для предварительной обработки воды, особенно если она из поверхностного источника. Выше рассматривалась механическая фильтрация, но существуют и другие способы обработки. Если, например, вода излишне жесткая или щелочная или в ней содержится слишком много неорганических химических веществ, ее можно пропустить через ионообменник для удаления этих загрязнений. Ионообменники могут быть очень дорогими (в зависимости от типа ионообменной смолы и объема воды, подвергаемой обработке), и смолу необходимо периодически заменять. В замкнутой системе использование ионообменника может быть и целесообразно, но для открытой системы затраты слишком велики.