Нитраты и фосфаты накапливаются в замкнутой циркуляционной водной системе, даже если в ней предусмотрен очень эффективный биофильтр. Хотя оба эти вещества необходимы в качестве биогенных элементов для развития растительности и не являются непосредственно токсичными для водных организмов в нормальных условиях, при очень высоких концентрациях нитраты могут быть токсичными (Westin, 1974). Нитраты можно удалять путем нитрификации до элементарного азота, и этот способ нашел применение в аквакультуре (Meade, 1974; Balderston and Sieburth, 1976). Эффективное удаление как нитратов, так и фосфатов достигается путем включения в систему водных растений, которые можно располагать сразу за биофильтром или окончательным осветлителем либо помещать их прямо в окончательный осветлитель.
Для третичной очистки воды можно использовать водяной гиацинт (Eichhornia crassipes), или водяной китайский каштан (Eleocharis dulcis). Каждое из этих растений быстро растет и эффективно извлекает из воды растворенные питательные вещества. Водяной каштан пригоден для употребления в пищу. Водяной гиацинт считается сорняком, когда заселяет природные водоемы, но его можно использовать на корм скоту, как и большинство других водных растений (Boyd, 1968а, 1968b).
Емкости с водными растениями необходимо либо размещать на открытой площадке, либо устраивать над ними искусственное освещение. При определении экономичности водной системы необходимо учитывать затраты на освещение, поскольку при крупномасштабном выращивании затраты энергии могут быть значительными.
Независимо от того, будут ли использоваться растения на корм скоту, их необходимо периодически удалять. Растительность может развиваться очень бурными темпами, что потребует частого ее удаления. Не предназначенные для продажи растения можно оставлять на земле для высыхания, для этого должно быть предусмотрено достаточно места. Из-за высокого содержания влаги водную растительность, предназначенную на корм скоту, необходимо перед отправкой высушивать или скармливать в непосредственной близости от хозяйства, иначе стоимость транспортировки сделает ее использование неэкономичным.
Если культивируемых животных предполагается содержать при высокой плотности всего несколько месяцев, возможно, целесообразнее воздержаться от использования водной растительности и позволить питательным солям накапливаться в системе. В период облова воду с содержащимися в ней растворенными биогенными веществами можно слить и в начале нового сезона выращивания залить новую. Если концентрация биогенных веществ слишком повысилась, целесообразно заменить всю воду или ее часть, однако это невозможно, если ресурсы воды ограниченны. Еще один способ снижения содержания биогенных веществ — увеличить объем фильтра путем добавления фильтровальных элементов. И наконец, можно уменьшить биомассу гидробионтов в системе культивирования.