Однако при таком садковом выращивании возникает специфическая проблема. Зимой вода, проходящая через агрегаты электростанции, может поступать в конденсаторы насыщенной растворенными газами. При быстром нагревании эта вода может оказаться пересыщенной. Пересыщение, особенно азотом, может вызвать у рыб газопузырьковую болезнь. Эта ситуация сходна с той, в которую попадают водолазы, которые поднимаются слишком быстро с глубины. При этом у культивируемых животных в жабрах, плавниках и за глазами образуются пузырьки, выпучиваются глаза. Такие симптомы иногда являются признаками заболеваний, связанных с неправильным питанием и наличием патогенных возбудителей, однако если рыба содержится зимой в сбросных водах электростанции, это, скорее всего, признаки газопузырьковой болезни.
Для предотвращения газопузырьковой болезни содержание газов в воде необходимо контролировать сатурометром. Поскольку симптомы болезни проявляются одновременно не у всех рыб, и если нет сатурометра, можно в зимнее время ограничиться ежедневным визуальным осмотром выращиваемых рыб. Если болезнь возникла или неизбежна, необходимо перевести рыб в более холодную воду, с меньшей степенью насыщения воды газами. Для борьбы с газопузырьковой болезнью садки можно также заглубить, поскольку повышенное давление уменьшает степень пересыщения (Chamberlain and Strown, 1977). Заглубление садков всего на несколько метров обычно бывает достаточным. Основным недостатком этого способа являются трудности, возникающие с кормлением. Садки можно поднимать на поверхность на несколько минут ежедневно для кормления. Если в воде достаточно природного корма, садки могут оставаться на дне канала, пока опасность возникновения газопузырьковой болезни не исчезнет. Еще один способ — использовать садки, высота которых соответствует глубине канала. Тогда рыба может подниматься за кормом к поверхности и уходить затем на глубину для компенсации пересыщения.
Для обработки заболевших рыб при садковом выращивании можно применять глубокие емкости. Лечебный раствор заливается в эту емкость, затем туда помещают садки с рыбой. Для крупных садков этот метод не подходит, так как при извлечении из воды они могут порваться, если их специально не усилить. Другие способы лечебной и профилактической обработки садковых рыб включают вылов их из садков для обработки на берегу или в емкости, установленной в лодке, устройство бассейна для лечебной обработки на берегу и шлюзов, через которые садки могут быть отбуксированы (это исключает необходимость поднимать садки из воды), а также прикрепление с наружной стороны садков пластиковых мешков, которые заполняются лечебными растворами.