Твердые вещества, взвешенные в воде, создают большую поверхность для роста грибов и бактерий (Cairns, 1967) и могут способствовать развитию болезней в системах культивирования. Взвешенные частицы, кроме того, абсорбируют и адсорбируют различные химические вещества, например фосфаты. В результате удобрения могут быть менее эффективными в мутной воде не только из-за затемнения, но и потому, что питательные вещества оказываются связанными и с трудом включаются в ткани растений.
Мутные воды менее подвержены температурным изменениям за короткие интервалы времени, быстрее нагреваются и лучше сохраняют тепло, чем прозрачные. Содержание взвешенных веществ в поступающей в хозяйства воде, как правило, не контролируются, хотя иногда бывает, что источник воды слишком мутный и тогда приходится принимать меры для ее осветления. Самый простой способ — дать воде отстояться перед подачей ее в выростную емкость. В противном случае может быть нанесен вред культивируемым организмам.
Кроме того, попадание большого количества взвешенного вещества прямо в пруды для культивирования может привести к быстрому их обмелению и необходимости углубления прудов и удалению осадков. Эта работа связана с большими затратами, и ее следует избегать. Если в систему интенсивного культивирования поступило значительное количество взвешенных веществ, арматура может выйти из строя и за животными становится трудно наблюдать. Более того, осадок в емкостях начинает быстро нарастать, и это вызывает необходимость очистки.
Известно, что двух одинаковых прудов не существует. Первичная и вторичная продукция, а также качество воды в прудах одинаковой конструкции, получающих одинаковое количество воды из одного источника и заселенных одновременно одним и тем же посадочным материалом, могут резко различаться. Особенно это относится к содержанию взвешенных веществ. В одном из парных прудов вода может быть совершенно прозрачной, а в другом мутной. Это положение может сохраняться в течение нескольких месяцев или может быстро измениться. На следующий год оба пруда могут быть мутными или прозрачными или ситуация может повторять прошлогоднюю, т. е. один пруд будет мутным, а другой прозрачным. Предсказать ситуацию заранее почти невозможно.