В контролируемых условиях часто удается получить в больших количествах монокультуру микроводорослей, но практических попыток заселить пруд определенными видами этих микроводорослей не предпринималось. Водоросли, размножающиеся в прудах для культивирования, относятся к видам-космополитам и оказываются в любом водоеме после его заполнения, даже если для заполнения использована стерильная вода. Клетки водорослей переносятся птицами и другими животными, обладают спорами и другими самовоспроизводящимися клетками, которые могут переноситься ветром или попадать в пруд с осадками и смывами с почвы.
В водах с высоким содержанием взвешенного вещества развитие планктона иногда затрудняется из-за природного затенения. В таких случаях целесообразно искусственно уменьшать мутность до внесения удобрений. В главе 4 описывается, как это можно сделать.
Для достижения требуемого развития фитопланктона удобрения иногда приходится вносить 3—5 раз. Если после пятикратного внесения массового развития водорослей не наступило, вполне вероятно, что вместо фитопланктона появится другая, менее желательная растительность. Если вместо фитопланктона появятся нитчатые водоросли или высшая растительность, ее необходимо удалить и начать все сначала. Внесение органических удобрений, например навоза, часто обеспечивает хорошее развитие фитопланктона (а также зоопланктона), и эти удобрения могут в будущем найти более широкое распространение в аквакультуре в США. Внесение органических удобрений издавна принято в других частях света. Норма внесения органических удобрений в тепловодные пруды в США точно не установлена, однако большинство специалистов считают, что еженедельно можно вносить по несколько килограммов на 1 га. В настоящее время этот вопрос изучается.
Удобрения вносятся, как правило, весной, когда температура воды достигает приблизительно 15—18° С. В связи с этим в удобренных прудах чаще развиваются нитчатые водоросли. Следует стремиться поддерживать массовое развитие фитопланктона до тех пор, пока культивируемые животные не перейдут на искусственный корм. Для подавления роста нежелательных водорослей цветение фитопланктона желательно поддерживать в течение всего периода выращивания.
Растительноядные рыбы, такие, как тиляпия и белый амур, питаются нитчатыми водорослями и макрофитами, хотя некоторые виды последних отвергаются большинством водных организмов, в том числе и белым амуром (Colle et al., 1978). Некоторые виды тиляпии предпочитают фитопланктон, но переходят на другие виды водной растительности, когда предпочитаемой пищи не хватает. Автор наблюдал Tilapia aurea, которая питалась семенами обыкновенной травы, когда ее содержали в пруду при высокой плотности посадки, но с низкой биомассой водной растительности.