Учитывая, что основной продукцией аквакультуры являются рыбы, а не растения, первичная продуктивность может иметь или не иметь значения для рыбовода. Безусловно, она не имеет значения в замкнутых циркуляционных системах, за исключением случаев, когда они расположены на открытой площадке, где возможно попадание нежелательных видов, или в системе, где предусмотрено выращивание растений. Растительность определенных видов часто желательна в прудах, но развитие посторонних видов может осложнить процесс выращивания.
В большинстве случаев макрофитов и нитчатых водорослей следует избегать, а рост фитопланктона стимулировать способами, изложенными выше. Фитопланктон служит пищей для личинок и молоди некоторых культивируемых видов. Поддержание культуры фитопланктона способствует избавлению от нежелательных видов.
Макрофиты обычны как для пресной, так и для морской воды, однако наиболее серьезную проблему водная растительность представляет в пресноводных прудах. Слишком заросшие пруды не только представляют собой неприглядное зрелище, но чрезмерно разросшаяся растительность утилизирует питательные вещества, которые могли бы быть использованы фитопланктоном.
Водная растительность может до некоторой степени влиять на температуру воды в прудах, особенно в течение суток, когда прозрачность воды обусловлена ограниченной продуктивностью фитопланктона. Прозрачная вода медленнее нагревается и быстрее остывает. В результате утилизации макрофитами питательных веществ вода в глубинных слоях осветляется и солнечный свет может глубже проникать и интенсифицировать рост высших водных растений. Если не принять мер, эта растительность полностью заполнит пруд за несколько дней или недель.
Плавающие организмы могут запутаться в зарослях высших водных растений и нитчатых водорослей и таким образом стать легкой добычей для водных насекомых, улиток, черепах и других хищников. В сильно заросших прудах доступ культивируемых объектов к кормам может быть значительно затруднен и большинство их может осесть на дно и превратиться в удобрения, что еще больше усугубит ситуацию.
Еще одна проблема, связанная с зарастанием прудов, заключается в трудностях облова и инспекции прудов, даже если в них содержится умеренное количество нежелательной растительности. Тащить невод в таких условиях бывает очень трудно. В результате многим животным удается спрятаться или уйти от невода. Пойманных особей приходится высвобождать из водорослей, забивающих сеть.
Отмершие и разлагающиеся водоросли потребляют кислород, который необходим культивируемым животным. Такая ситуация может привести к критически низкому содержанию кислорода и вызвать стресс, способствующий развитию вспышек заболеваний, или непосредственную гибель.
Изучались возможности использования макрофитов в качестве корма для домашнего скота (Baily, 1965; Lange, 1965; Boyd, 1968а, 1968b; Culley and Epps, 1973). Кроме того, в главе 2 рассматривалась перспектива использования макрофитов для третичной обработки воды в интенсивных системах культивирования. Влажность водных макрофитов настолько высока, что после обезвоживания остается очень мало сухого вещества, она же делает транспортировку макрофитов нецелесообразной. Чтобы водную растительность было целесообразно скармливать скоту, водных и наземных животных необходимо разводить в непосредственной близости друг от друга либо должны быть предусмотрены недорогие способы сушки и транспортировки водных растений. В большинстве случаев заросшие озера и пруды представляют собой лучший источник корма для животных, чем рыбоводные пруды, поскольку плотность водных растений, необходимая для обеспечения корма для скота, сделает воду непригодной для культивирования. Можно, разумеется, использовать рыбоводные пруды только для выращивания водной растительности, но, если растительность предполагается использовать на корм скоту, это неэкономично.