При обычном промышленном культивировании необходимость в измерении первичной продуктивности не возникает. Как правило, ограничиваются лишь контролем за нежелательной растительностью и поддержанием требуемого содержания в воде растворенного кислорода путем фотосинтеза и другими методами. Однако с теоретической точки зрения необходимо понимание биологических процессов фотосинтеза и способов измерения первичной продуктивности. С распространением практики внесения в рыбоводные пруды органических и неорганических удобрений необходимость в определении первичной продуктивности будет возникать чаще.
Первичную продуктивность однолетней высшей водной растительности и плавающих растений легко можно измерить, определяя сухую биомассу на единицу площади в конце сезона выращивания. В общем случае можно принять, что первоначальной биомассой (за исключением в некоторых случаях корней) можно пренебречь. Этот способ непригоден для фитопланктона, нитчатых водорослей или перифитона, которые присутствуют в природных водоемах круглый год. Эти растения часто растут хаотично и в разные периоды года среди них могут доминировать различные виды. Для определения активности перифитона в воду можно помещать на определенную глубину чистый субстрат (стеклянные пластинки или палочки) и определять скорость, с которой растительность аккумулируется на субстрате. Определения обычно производятся по сухой массе без золы (разность в массе вещества после высушивания при температуре 80—105° С и последующего сжигания при 550—600°С). Недостатком этого способа является то, что помимо растений на субстрат оседают также различные животные и, хотя крупных насекомых (в пресной воде), а также оболочников, желудей и мшанок (в морской воде) можно удалять механическим способом, их личинки, а также простейшие остаются, поэтому фактически такие определения дают представление о скорости роста сообщества Aufwuchs, а не о его перифитоне.