Удобрение рыбоводных прудов, особенно нитратами и фосфатами, часто производится весной для обеспечения пищей культивируемых животных на некоторых стадиях развития и для формирования зоопланктона и зообентоса, которыми могут питаться культивируемые организмы. Наличие фитопланктона увеличивает мутность воды и затрудняет проникновение солнечного света к высшим водным растениям и нитчатым водорослям на дне пруда.
Внесение удобрений в тепловодные рыбоводные пруды не всегда рекомендуется. В некоторых почвах содержится достаточное количество питательных веществ, которые могут переходить в воду прудов и поддерживать развитие фитопланктона. В поступающей воде, особенно из поверхностного источника, также может содержаться достаточное количество питательных веществ. Кроме того, внесенные в пруд корма, так же как и экскременты культивируемых животных, увеличивают содержание питательных веществ в воде. Если измерения фиксируют очень низкое содержание фосфатов и нитратов или об этом свидетельствует слишком прозрачная вода с низкой первичной продуктивностью, удобрение может быть целесообразным. Удобрения вносятся как в пресноводные, так и в солоноватоводные пруды, но в США эти методы применяются в основном в сельском хозяйстве.
Большинство пресных вод хорошо переносят внесение удобрений с соотношением азота, фосфора и калия N—Р—К 16—20—4 в количестве 50 кг/га, хотя на почвах с высоким содержанием калия хорошие результаты могут быть получены и при соотношении 16—20—0. Оптимальное количество вносимых удобрений неодинаково для различных районов и зависит от химических свойств почв и концентрации питательных веществ, растворенных в воде. Удобрения вносятся с интервалами 10—14 дней до тех пор, пока диск Секки не покажет 30 см. Диск Секки представляет собой круглую пластину различного диаметра (в морской воде он часто составляет 40 см, а в пресной — 20 см), выкрашенную белой краской или в белую и черную полоску. Прозрачность по диску Секки определяется как глубина, на которой диск исчезает из виду при погружении в воду. Глубина зависит до некоторой степени от времени дня и облачности. Если диска Секки нет, измерение можно выполнить с помощью руки, которую опускают в воду под прямым углом к предплечью. Обычно количество внесенных удобрений считается достаточным, если рука не видна, когда она опущена в воду по локоть.