При работе с 14С используются светлые и темные склянки. Видимая фиксация углерода в темной склянке может быть результатом поглощения или указывать на присутствие хемоавтотрофных бактерий в пробе. Несмотря на различные трудности, связанные с использованием метода 14С, многие ученые до сих пор применяют его при исследованиях первичной продуктивности для получения представления об активности фитопланктона в различных водных системах.
Найденное общее количество хлорофилла в пробе воды или в любой другой пробе, содержащей водоросли, может быть использовано для оценки первичной продуктивности. Способы экстрагирования хлорофилла из водорослей и формулы для расчета содержания различных пигментов по результатам спектрофотометрического анализа разработаны Ричардсом и Томпсоном (Richards апё Thompson, 1952) и затем пересмотрены и дополнены Одумом с сотрудниками (Odum et al., 1958). Ритер (Ryther, 1956) обнаружил, что, хотя содержание хлорофилла и скорость фотосинтеза варьируют, скорость фотосинтеза на единицу хлорофилла остается относительно постоянной. Это позволяет по результатам определения содержания хлорофилла получить представление о первичной продуктивности.
Под воздействием света определенных длин волн хлорофилл флуоресцирует, степень флуоресценции связана с количеством содержащегося хлорофилла и, следовательно, с первичной продуктивностью. Выпускаются флуорометры, которые непрерывно регистрируют степень флуоресценции прокачиваемой через них воды. В большинстве случаев с помощью того же прибора можно периодически получать значения флуоресценции небольшого образца воды. Определение производится почти мгновенно, и никакой предварительной обработки пробы не требуется. Это позволяет за один день проанализировать до нескольких тысяч проб, в то время как методы определения продукции кислорода и поглощения с помощью 14С дают возможность обработать всего несколько проб в день. Флуорометрия дает, по крайней мере, относительное представление о первичной продуктивности и все шире применяется океанологами и лимнологами для быстрых и многочисленных определений активности фитопланктона. Этот способ получил положительную оценку в исследованиях по аквакультуре, поскольку он позволяет быстро и часто сравнивать между собой первичную продуктивность в различных прудах, каналах и других выростных емкостях. Способ может оказаться особенно полезным, если в выростные емкости вносят удобрения.