Один из лучших способов борьбы с подводной растительностью — не допускать значительных по площади мелководных участков в пруду. При строительстве пруда должны быть предусмотрены соответствующие уклоны для предотвращения образования мелководий, где может поселиться такая растительность. Если пруд имеет слегка наклонные берега, его края целесообразно несколько углубить для предотвращения развития высшей водной растительности (Lawrence, 1968). Для некоторых объектов культивирования требуются большая площадь поверхности дна и незначительные объемы воды (например, для креветок и лангустов). Такие объекты хорошо себя чувствуют в мелководных прудах. Однако развитие в них растительности может значительно затруднить процесс выращивания. Иногда в результате жизнедеятельности животных вода становится достаточно мутной для того, чтобы затормозить развитие макрофитов, но обычно свет проникает до дна. Таким образом, часто целесообразнее строить относительно глубокие пруды, даже если животные не используют пелагиаль.
Хотя многие виды погруженных макрофитов и могут расти в относительно глубокой воде, затемнение, создаваемое взвешенными осадками или фитопланктоном (последний рассмотрен ниже как средство биологического контроля), может быть достаточным для ограничения их роста. Некоторые виды рыб, например карп и тиляпия, увеличивают мутность воды в поисках пищи. То же самое относится и к креветкам в прудах с глинистым дном. В некоторых хозяйствах в поликультуре специально содержат виды, обладающие такими особенностями. В настоящее время этот метод пока не получил широкого распространения в США.
Тепловодные пруды для культивирования на зиму часто спускают, и они остаются незаполненными до следующей весны. Высушивание дна прудов приводит к уничтожению как живых растений, так и их органов размножения, хотя многие семена и споры могут выжить и прорасти на следующий год. В любом случае после заполнения пруда он быстро заселяется растениями из других водоемов. Многие рыбоводы обрабатывают пруды зимой или весной культиватором, чтобы уничтожить любую наземную растительность, которая попала в пруд, пока он стоял без воды. Наличие такой растительности может привести к увеличению потребности в кислороде в результате ее гниения после заполнения пруда. Если пруд не заполняется сразу после обработки культиватором, большинство уничтоженных растений будет гнить и выделять питательные вещества в почву, где они могут оказаться связанными с осадками.
Эти питательные вещества еще долго будут доступны представителям низших звеньев пищевой цепи в воде, но из осадков они вымываются в воду значительно медленнее, чем непосредственно из растительности. И что более важно, потребность в кислороде, которая возникает в результате разложения растений, будет компенсироваться из атмосферы, а не за счет растворенного в воде кислорода.