Механические способы борьбы с растительностью заключаются либо в физическом уничтожении нежелательных растений, либо в создании таких условий, в которых нежелательная растительность не сможет развиваться. Если пруд зарос нежелательной растительностью, самый простой способ избавиться от нее — вырвать вручную, если количество растительности это позволяет. Этот способ непрактичен в крупных водоемах, где заросшими оказываются целые площади, но механические устройства, предназначенные для озер и водохранилищ, неприемлемы в рыбохозяйственных прудах. На ранних стадиях развития водной растительности ее можно собирать вручную. Например, стрелолист (Sagittaria sp.) легко срывать вручную, если он не очень разросся. Некоторые плавающие растения, например водный гиацинт (Eichhornia crassipes), также можно легко удалять из прудов для культивирования, при этом необходимо удалять все растения, иначе они немедленно снова размножатся. Ряску (Lemna sp.) можно собирать с поверхности пруда, но полностью удалить ее невозможно, и она вскоре появляется вновь, если не принять мер для изменения условий ее роста.
Рогоз (Typha latifolia), который размножается с помощью корневищ, а также пролиферацией семенами, также можно собирать вручную. Весной и летом распространение этого растения с помощью корневищ может привести к колонизации в течение нескольких недель значительных площадей на мелководье. В результате часто приходится по нескольку раз возвращаться на одно и то же место, чтобы убедиться, что корневища, оставшиеся после предшествующей механической обработки, не дали новых побегов. Для борьбы с рогозом после механического удаления целесообразно внесение химикатов. Рогоз бывает очень высоким (до 3 м) и быстро распространяется по берегам пруда. Спустя определенное время рогоз распространяется до середины пруда, если там не слишком глубоко. Помимо того что рогоз придает прудам очень непривлекательный вид, он значительно затрудняет доступ к ним, передвижение и облов.
Некоторые подводные растения очень трудно удалить механическим путем, например кустистый рдест (Najas sp.) можно собирать вручную, но много его остается несорванным, и через несколько дней или недель пруд снова, им зарастает. Для предотвращения увеличения потребности в кислороде в результате удаления больших количеств этих растений с помощью гербицидов часто целесообразно перед химической обработкой убрать растительность механическим способом, особенно если зарастание очень сильное. То же самое относится и к рдесту (Potamogeton sp.), и другим подводным растениям.
Хара (Chara sp.) напоминает кустистый рдест, но относится к водорослям. Она растет пучками, часто связана с субстратом прудов. Хару можно удалять механическим способом, но полностью таким образом от нее не удается избавиться и часто приходится применять и гербициды. Хару можно отличить от кустистого рдеста по затхлому запаху и по жесткости, ощущаемой при растирании ее между пальцами (Klussmann and Lowman, 1975).