Биологический контроль заключается в использовании фитопланктона для затенения дна пруда, а также способности животных утилизировать водную растительность. Затенение фитопланктоном эффективно, если оно начинается весной, до того как нитчатые водоросли или водные макрофиты заселяют пруд. По данным Свингля (Swingle, 1947, массовое развитие фитопланктона способно затенить многие высшие растения в пруду глубиной свыше 45 см. Способы распространения и поддержания развития фитопланктона были рассмотрены выше.
Большинство животных, способных выступать в качестве средства борьбы с водной растительностью, относится к рыбам. Однако для этой цели пытались использовать и других, более экзотичных животных. Например, сильно заросшие водными растениями воды Флориды были заселены Trichechus manatus latirostris (Sguros et al., 1965). Для борьбы с нежелательной растительностью в водные системы культивирования подселяли также крупных пресноводных улиток (Blackburn and Weldon, 1965) и южноамериканских листоедов (Agasicles sp.) (Anderson, 1965). Однако особо выдающихся результатов достичь не удалось. В большинстве случаев подселение таких животных в пруды, сильно заросшие водной растительностью, мало что дает, хотя с их помощью можно попытаться предотвратить колонизацию и распространение растительности.
Белый амур (Ctenopharyngodon idella) был завезен в США из Малайзии в 1963 т. (Stevenson, 1965), так как считалось, что он может быть полезен для борьбы с водной растительностью. Теперь он запрещен более чем в 30 штатах, так как опасаются, что он может стать конкурентом для местных рыб, заселить эстуарии и наводнить болотистые местности или размножиться в необычайно большом количестве.
Как и обыкновенный карп (Cyprinus carpio), белый амур мало используется в большинстве районов выращивания тепловодных рыб, хотя эти рыбы до сих пор выращиваются в прудах Алабамы и Арканзаса. Их пригодность в качестве средства борьбы с водной растительностью была доказана (Avault, 1965а, 1965в; Mitzner, 1978; Colle et al., 1978), и они могут быть весьма эффективными, если их плотность не превышает нескольких штук на 1 га.
Для борьбы с водной растительностью природные водоемы и пруды для культивирования заселяли различными видами тиляпии. По достижении определенного размера Tilapia aurea и другие виды становятся растительноядными. Пищевое поведение различных видов тиляпии изучалось такими исследователями, как Леру (Le Roux, 1956), Макбеем (МсВау, 1961), Яшувом и Червинским (Yashouv and Chervinsky, 1960, 1961), а также Мориарти (Moriarty, 1973).
Из местных североамериканских видов рыб, представляющих промышленный интерес, , лишь немногие питаются исключительно растительностью, а даже те, которые имеются (в основном гольяны), на протяжении большей части своей жизни или всю жизнь питаются фитопланктоном и мало полезны в сильно заросших прудах. Серебряный карась, хотя и непригоден в пищу, пользуется большим спросом по достижении определенного размера, а также способствует борьбе с нежелательной растительностью. Лангустов также можно использовать для борьбы с водной растительностью, кроме того, это популярный пищевой продукт, особенно в Луизиане и других южных штатах. Такие виды, как веслонос, питаются исключительно растительностью, но это опять в основном фитопланктон. Кроме того, биотехника выращивания этого вида до конца не отработана. В связи с тем что ввоз в США экзотических видов все чаще вызывает возражения, перспективы вселения новых видов водных организмов с целью борьбы с водной растительностью выглядят маловероятными.