Большинство хозяйств аквакультуры расположено в олигогалинных или мезогалинных эстуарных водах. Эстуарий — это полузамкнутый прибрежный водоем, свободно сообщающийся с открытым океаном, где соленая морская вода до некоторой степени разбавляется пресными стоками (Pritchard, 1967). Это определение в наибольшей степени подходит к «положительным» эстуариям, в которых поступление пресной воды превышает испарение, хотя существуют и «отрицательные» эстуарии, в которых испарение превышает поступление пресной воды, и нейтральные эстуарии, где испарение равно поступлению пресной воды. В США наиболее характерным примером отрицательного эстуария является лагуна Мадре в штате Техас. Вода в этом эстуарии часто сверхсоленая, но в будущем он может использоваться для марикультуры. Соленость воды в лагуне Мадре часто превышает 40%о, а иногда достигает 50—80%о (Pearse and Gunter, 1957). В большинстве случаев нейтральные эстуарии — явление временное, поскольку в природной системе долговременный баланс испарения и поступления пресной воды почти не встречается.
В некоторых случаях соленость эстуариев остается довольно постоянной в течение определенного периода, но чаще наблюдаются суточные, полусуточные, сезонные и случайные колебания, вызываемые течениями, сезонным характером стоков, выпадающими осадками или засухами, что приводит соответственно к высокой степени разбавления или концентрации. Организмы, населяющие эстуарии, в том числе и многие культивируемые морские виды, часто являются эвригалинными, хотя оптимальные скорости роста и выживаемость, так же как и коэффициенты оптимальной усвояемости пищи, наблюдаются в ограниченном диапазоне солености для каждого конкретного вида. Допустимые в марикультуре диапазоны солености сильно варьируют и зависят в значительной степени от культивируемого вида.
Возможно, что населяющие эстуарий организмы наиболее адаптированы к определенным величинам солености воды, но большинство животных ежедневно подвергается колебаниям солености по причинам, упомянутым выше. Как правило, в выростных емкостях не стремятся поддерживать постоянную соленость, хотя это возможно в замкнутых циркуляционных системах. В большинстве систем культивирования соленость равна солености поступающей воды. Если эта соленость слишком велика, иногда имеется возможность разбавлять эту воду в выростных емкостях пресной водой из скважины или из другого источника. Если соленость воды слишком низка, ее можно повысить с помощью искусственных морских солей, выпускаемых промышленностью, хотя это может стоить дорого, особенно если необходимы значительные добавки. Увеличение солености в замкнутой циркуляционной системе в момент заполнения экономически более целесообразно, чем использование искусственных морских солей в открытой интенсивной или экстенсивной системе.
Обычной проблемой, особенно в замкнутых циркуляционных системах и в прудах, является тенденция к постоянному повышению солености в результате испарения. С добавлением свежей воды общее количество соли увеличивается и продолжает возрастать с каждым добавлением воды. Единственный способ поддерживать соленость в системе, если она увеличивается в результате испарения,— добавлять пресную воду при компенсации потерь. Некоторое увеличение солености со временем возможно в полузамкнутых системах, особенно если частота замены воды невелика, но чаще всего эти проблемы возникают все-таки в замкнутых циркуляционных системах и в прудах.
В общем случае скважины морской воды, как правило, дают воду более постоянной солености, чем поверхностные источники. Если хозяйство аквакультуры расположено в местности, где поверхностные стоки незначительны или есть глубокий источник, из которого забирается вода (например, вдоль побережий тропических островов), колебания солености могут быть очень незначительными в течение длительного периода.