Пруды и эстуарии холоднее зимой и теплее летом, чем крупные водоемы тех же широт, и для многих объектов культивирования оптимальная для роста температура наблюдается лишь в течение короткого периода. В зависимости от источника водоснабжения и расположения (в помещении или на открытой площадке) полузамкнутые и открытые системы культивирования могут быть менее подвержены сезонным колебаниям температуры, чем пруды, или совсем не подвержены. В большинстве случаев сезонные колебания температуры одинаково влияют на все системы культивирования, за исключением замкнутых циркуляционных систем, расположенных в помещении, когда новую воду, температура которой резко отличается от поддерживаемой в системе, подают редко и в небольших количествах.
Для большинства видов максимальная температура, достигаемая в хозяйстве аквакультуры в течение года, не равна оптимальной для культивируемого вида, хотя в общем случае температура, несколько превышающая оптимальную, обеспечивает более быстрый рост и лучшую усвояемость корма. Если температура становится ниже оптимальной для определенного вида, интенсивность обменных процессов замедляется, а когда температура становится выше оптимальной, повышается. Максимальный рост и оптимальная эффективность усвоения пищи могут наблюдаться при одной и той же температуре окружающей среды, но так бывает не всегда, и замкнутые системы культивирования приходится эксплуатировать при компромиссной температуре, которая обеспечивает и быстрый рост, и эффективность усвоения пищи. При температуре выше оптимальной интенсивность обмена продолжает возрастать и энергия начинает затрачиваться не на рост, а на поддержание повышенных скоростей обмена. Наконец, по мере того как температура приближается к точке, в которой наступает гибель, скорость обмена и активность питания снижаются, а вскоре рыбы совсем перестают брать корм.
В мелких водоемах для культивирования температура, как правило, изменяется быстрее, чем в крупных, глубоких, однако по сравнению с наземными условиями температура воды изменяется относительно медленно из-за своей высокой теплоемкости. Даже осенью и зимой свойства воды обеспечивают не только медленное, но и достаточно равномерное ее нагревание и охлаждение.