Помимо классификации рыбозащитных сооружений по типу рабочих органов они подразделяются также на сооружения, расположенные на водоеме (водохранилище) и на водотоке (реке, канале и др.). Такое подразделение вызвано тем, что способы защиты и тип сооружения устанавливаются в зависимости от особенностей распределения личинок и молоди рыб, которые заметно отличаются в водотоках и водоемах. Так, в водоемах горизонтальное и вертикальное распределение личинок и молоди рыб неоднозначно во времени и может существенно отличаться в течение сезона и суток, при смене гидрологического режима, при перемене погоды. Кроме того, на распределение рыб здесь оказывают влияние ветровые и вертикальные течения, температурная стратификация и ряд других факторов. В отличие от этого вертикальное и горизонтальное распределение личинок и покатной молоди в водотоках более стабильно вследствие постоянства скоростей горизонтальных и вертикальных течений, величина которых изменяется в определенных пределах.
На современном уровне знаний невозможно управлять поведением и, следовательно, распределением молоди рыб путем непосредственного воздействия на нее. Поэтому процесс управления заключается в выявлении параметров чувствительности рыб к факторам среды и регулированию этих параметров в целях направленного воздействия на рыб.
Одни из наиболее действенных факторов среды - течение. В реках и водоподводящих каналах водозаборов и подоприемников можно искусственно формировать гидравлическую структуру потока и скорости течений на различных участках водотока и. тем самым создавать оптимальное и необходимое для защиты рыб распределение молоди в зоне защиты. В отличие от этого в стоячих водоемах (водохранилищах, озерах и др.) регулировать параметры среды практически невозможно или весьма трудоемко и, следовательно, нельзя воздействовать на поведение рыб, формировать необходимое для их защиты распределение в водоеме, степень их концентрации.
При проектировании водозабора по условиям защиты рыб должен быть специально рассмотрен вопрос выбора местоположения его оголовка, т. е. места забора воды из водоема.
Оголовок водозабора необходимо размещать в зонах (биотонах) пониженной плотности рыб. Не допускается осуществлять забор воды в районах нерестилищ, на участках активных кормовых или покатных миграций рыб.
Выполненные в последние годы исследования на основании гидрологических и морфометрических данных и с учетом ветровой динамики позволяют установить закономерность распределения и выявить биотопы повышенной и пониженной концентрации молоди в водоемах. На основании этих данных могут быть составлены картосхемы экологического районирования водоемов, с учетом которых должен быть осуществлен выбор местоположения оголовка водозабора.
Вопросы расположения оголовка водозабора из условия обеспечения минимального попадания в него рыб должны быть освещены в ихтиологической записке.
В отдельных случаях проектирования при соответствующем обосновании оголовки водозаборов могут быть удалены от насосной станции или оголовка водопроводного канала.