В первом случае из одной двуплечей хромосомы возникают две одноплечих, во втором, наоборот, две хромосомы образуют одну. Общее число плеч (NF) и количество ДНК в ядре остаются при этом неизменными. Примером хромосомного полиморфизма может служить изменчивость числа хромосом у горбуши Oncorynchus gorbuscha Walb. (2n = 52/54), радужной форели (2n = 58/62), черноморской смариды Spicara flexuosa (Centracanthidae) (2n = 44/46). У черноморской смариды имеется форма с 2n = 46, а также формы с 2n =45 и с 2n = 44, причем две последние формы возникли в результате слияния одной и двух пар акроцентрических хромосом соответственно. У одного и того же вида могут встречаться разные по хромосомной конституции типы. У щиповок Cobitis biwae (2n = 48) по особенностям хромосомного набора выделяют три формы, различающиеся соотношением мета-, субмета- и акроцентрических хромосом. Наряду с ними обнаружена и тетраплоидная форма с 2n = 96. У С. taenia taenia имеется диплоидная форма (2n = 50) и два типа тетраплоидов: с 2n = 86 и 2n = 94 хромосомами. Наконец, у С. taenia striata имеется диплоидная форма с 2n = 50 и тетраплоидная (с 2n = 98 хромосом).
Характеристика кариотипа широко используется в ихтиологических работах для уточнения систематического положения вида (кариосистематика), а также при изучении вопросов эволюции и филогении рыб. По кариологическим данным, возможна идентификация межвидовых гибридов, возникающих в природных популяциях в результате естественной гибридизации. В селекционных работах анализ кариотипов необходим при проведении отдаленной гибридизации и при разработке специальных генетических методов селекции. Данные о кариотипах могут быть полезны при проверке генетической полноценности потомств, полученных с использованием экстремальных воздействий на половые клетки или ранние зародыши рыб (например, в случае криоконсервации половых продуктов). Цитогенетический контроль развивающихся эмбрионов используют и при получении потомства заводским способом.