Наличие генетической изменчивости по устойчивости к заболеваниям обеспечило положительные результаты в работах со многими видами рыб, в том числе с карпом (повышение устойчивости к заболеванию краснухой) и форелью (повышение устойчивости к фурункулезу и алиментарным заболеваниям).
Сложность селекции на повышенную резистентность к заболеваниям связана прежде всего с характером проявления самого признака, четкая дифференцировка которого затруднена. Обычно различают здоровых и больных рыб. Больных, в свою очередь, разделяют по состоянию на несколько классов. Например, в работах по селекции на устойчивость карпа к краснухе больных рыб по интенсивности заболевания делят на пять групп.
Кроме того, по окончании вспышки заболевания рыб разделяют на неболевших и переболевших, но выздоровевших. Для проведения генетического анализа и повышения эффективности отбора используют также дополнительные характеристики: интенсивность поражения, динамика течения болезни, ответная реакция на введение определенной дозы возбудителя болезни ("доза-эффект"), иммунологические данные, а также различные морфологические и физиологические признаки, коррелирующие с устойчивостью к заболеванию.
Селекция на устойчивость к инфекционным болезням сталкивается с большими трудностями, связанными со сложной этиологией самого заболевания, возникновение которого может зависеть от ряда биотических и абиотических факторов. Так, многие заболевания возникают лишь в определенных экологических условиях, которые очень сложно воспроизвести в селекционном эксперименте.
И наконец, самая серьезная трудность при селекции рыб на устойчивость к заболеванию состоит в чрезвычайно медленном темпе селекционного процесса в сравнении с темпом эволюции самого возбудителя, что обеспечивает высокую приспособляемость последнего.
В настоящее время все более ощущается необходимость в селекции рыб на устойчивость к разным токсическим веществам: детергентам, пестицидам, сточным водам животноводческих комплексов и другим промышленным стокам, попадающим в водоемы. Такую селекцию, однако, следует проводить очень осторожно и только в отношении токсикантов с коротким периодом распада, так как у "устойчивых" рыб возможно прижизненное накопление токсических веществ, что может быть опасным для человека.