Степень инбредной депрессии зависит от скорости нарастания коэффициента инбридинга. С помощью умеренно родственного скрещивания можно добиться относительно высоких значений коэффициента инбридинга (порядка 30-40 %) без существенного снижения жизнеспособности и продуктивности животных. В этом случае гомозиготность возрастает лишь по отдельным генам с сохранением сбалансированного полиморфизма по наиболее важным локусам.
Степень проявления инбредной депрессии сильно зависит от интенсивности и направленности отбора. При интенсивной селекции по признакам, наиболее подверженным инбредной депрессии (плодовитость, жизнеспособность, темп роста и др.), идет автоматический отбор гетерозигот. Это способствует сохранению полиморфизма по важнейшим генетическим системам и тем самым частично или почти полностью нейтрализует отрицательное влияние инбридинга.
Последствия инбридинга на рыбах изучены пока еще недостаточно. Имеются сведения, что у карпа одно поколение тесного инбридинга (скрещивание сибсов) снижает темп роста на 15-20 %; наряду с этим значительно снижается выживаемость, увеличивается относительное число уродов. По данным Г. Кинкайда, скрещивание сибсов форели в течение двух поколений снизило выживаемость молоди на 29,7 %, темп роста на 33,5 %, эффективность использования корма на 14,9 %; число особей с различными морфологическими дефектами увеличилось почти вдвое. Отрицательные последствия инбридинга отмечены и у других видов рыб.
Особенно сильно сказывается инбридинг на воспроизводительной системе. Так, у высокоинбредных гиногенетических самок карпа (F = 0,6/0,8) наблюдались задержка полового созревания и различные нарушения в развитии яичников: около 40 % всех исследованных рыб имели признаки интерсексуальности, встречались и стерильные особи.
Аутбридинг. Аутбридингом называют получение потомства от неродственных производителей. Неродственными обычно считают особей, у которых общие предки отсутствуют не менее чем в пяти поколениях. Аутбридингом называют также систему случайных скрещиваний (панмиксия) при достаточной численности производителей, участвующих в воспроизводстве (20 пар и более).
Аутбридинг сохраняет высокую гетерозиготность селекционируемой популяции. Обычно его применяют на более поздних стадиях селекционного процесса для обеспечения массовой репродукции племенного материала.