Основу гипотезы доминирования составляет представление о благоприятном действии доминантных факторов. Поскольку рецессивные аллели менее подвержены влиянию отбора, среди них могут сохраняться вредные мутации; последние при скрещивании неродственных групп переходят в гетерозиготное состояние и под прикрытием доминантных факторов утрачивают фенотипическое проявление. Подавление вредного действия таких рецессивных мутаций доминантными генами проявляется в виде гетерозисного эффекта. Таким образом, согласно данной гипотезе гомозиготы и гетерозиготы по доминантному гену обладают одинаковым преимуществом перед рецессивным типом: AA и Аа > аа.
Впоследствии эта две генетические концепции гетерозиса были дополнены представлениями о взаимодействии аллелей разных локусов.
Рассмотренные механизмы гетерозиса не исключают друг друга и могут действовать одновременно. Роль доминирования и сверхдоминирования в каждом конкретном случае может быть различна. При относительно близких скрещиваниях (межпородных, внутрипородных и т. п.) ведущая роль в возникновении гетерозиса принадлежит эффекту сверхдоминирования, при отдаленных - эффекту доминирования.
По мнению В.С. Кирпичникова, в основе явлений доминирования и сверхдоминирования как генетических причин гетерозиса лежит единый механизм мутирования, приводящий к появлению мутаций двух типов: или блокирующих синтез белка, или изменяющих свойства последнего. Мутации первого типа, имеющие, как правило, вредные для организма последствия, стимулируют действие отбора в направлении усиления доминантности нормальных аллелей соответствующих локусов. Подавление вредного влияния таких мутаций доминантными генами составляет основу благоприятного действия доминантных факторов. Мутации второго типа приводят к проявлению у гетерозиготных особей двух или нескольких различных белков (изоферментов), которые, дополняя друг друга, создают комплементарный эффект, благоприятный для организма. Биохимическое обогащение клетки за счет мутаций такого типа лежит в основе сверхдоминирования.