Чистопородное (чистое) разведение предполагает воспроизводство какой-либо племенной группы (породы, породной группы, внутрипородного типа и т. п.) "в чистоте". По степени родства производителей чистопородное разведение подразделяют на родственное (инбридинг) и неродственное (аутбридинг).
Инбридинг. Под инбридингом понимают получение потомства от производителей, состоящих в близкой степени родства. Степень родства определяется числом поколений до общего предка. Спаривание особей, имеющих общего родственника в первом поколении (спаривание типа: брат х сетра, отец х дочь), называют тесным инбридингом или близкородственным разведением; в остальных случаях говорят об умеренном инбридинге.
Инбридинг как метод разведения широко используют в селекции многих сельскохозяйственных животных. Родственное разведение необходимо, в частности, для сохранения в селекционируемом стаде ценных генов, полученных от выдающегося родоначальника (разведение по линиям, семейная селекция и т. п.). Умеренный инбридинг ускоряет процесс стабилизации породы. Инбридинг является обязательным приемом при создании генетически однородных групп, предназначенных для промышленной гибридизации.
Показателем степени инбридинга служит коэффициент инбридинга, под которым понимают вероятность уменьшения числа гетерозиготных локусов по сравнению с исходным состоянием. Например, если допустить, что в исходной популяции 80 % всех локусов находились в гетерозиготном состоянии, то при коэффициенте инбридинга 0,3 число гетерозиготных локусов снизится на 24 % и составит 56 %, в то время как число гомозиготных локусов повысится до 44 %. Однако следует иметь в виду, что это лишь расчетные, вероятностные величины. Повышению степени гомозиготизации в значительной степени могут препятствовать (особенно при умеренном инбридинге) естественный и искусственный отборы, которые поддерживают в популяции сбалансированные полиморфные системы.