Большинство разводимых видов рыб характеризуется поздним половым созреванием. Например, у карпа смена поколений в обычных прудовых условиях происходит (в зависимости от климатических условий) через 4-6 лет. Таким образом, получение 5-7 селекционных поколений карпа (необходимых для формирования породы) требует не менее 25-30 лет.
Как уже отмечалось, многие признаки у рыб подвержены сильному влиянию внешней среды. Большая паратипическая изменчивость затрудняет выявление генетических различий у селекционируемых рыб. Для оценки генетической ценности отдельных производителей или племенных групп рыб требуется постановка сложных опытов с большим числом повторностей.
Большие сложности при проведении селекционной работы связаны с обитанием рыб в водной среде. В процессе выращивания рыбы не могут быть подвергнуты прямому визуальному контролю. В связи с этим селекция по некоторым важным признакам, например по активности потребления корма, оплате корма и т. п., практически невозможна.
Обитание рыб в водной среде создает чрезвычайно большие сложности и в отношении контроля за условиями среды, при прудовом выращивании нельзя обеспечить стандартные условия, необходимые для оценки селекционируемого материала.
Очень сложен индивидуальный учет рыб. Известные надежные способы мечения племенных рыб применяются в основном на взрослых особях.
Массовость материала, мелкие размеры, сложность мечения и большая подвижность рыб создают трудно решаемую проблему сохранения селекционируемого материала в чистоте.
Перечисленные положительные и отрицательные свойства рыб как объектов селекции составляют специфику селекционно-племенной работы с ними, определяют особенности ее организации и методов ведения.