Оранжевая окраска вызвана отсутствием пигментных клеток — меланофоров (последнее приводит к усиленному синтезу оранжевого пигмента в ксантофорах). Как показал генетический анализ, этот признак контролируется двумя рецессивными (дупликатными) генами: b1 и b2. Таким образом, генотип оранжевых рыб b1b1b2b2. Скрещивание оранжевых рыб с обычными (b1b1b2b2xB1B1B2B2) дает потомков с обычной окраской - гетерозигот по обоим генам: B1b1B2b2. Во втором поколении F2 наблюдается расщепление на обычных и оранжевых особей в соотношении, близком к 15:1. В анализирующем скрещивании (B1b1B2b2xb1b1b2b2) соотношение обычных и оранжевых особей близко к теоретически ожидаемому — 3:1. Так, в пяти разных потомствах, полученных от скрещивания гибридов F1 (В1 b1B2b2 ) с оранжевыми (b1b1b2b2), соотношение рыб с обычной и оранжевой окрасками составляло от 3,4:1 до 4,9:1. Суммарно среди 2867 шт. рыб оказалось 2240 шт. обычных и 627 шт. оранжевых особей (3,6:1).
Изменение пигментации под действием генов b1 и b2 проявляется уже на эмбриональных стадиях. Гомозиготы b1b1b2b2 полностью (за исключением глаз) лишены пигментных клеток и выглядят прозрачными (рис. 9); оранжевая окраска появляется у них на более поздних стадиях.

Оранжевые карпы в сравнении с обычными характеризуются замедленным темпом роста и пониженной выживаемостью (о чем свидетельствует отмеченное выше отклонение в расщеплении от ожидаемого 3:1 в пользу обычно окрашенных рыб).
Сочетание генов оранжевой и голубой окрасок (b1b1b2b2rr) приводит к появлению белой окраски. Белые особи характеризуются сильно пониженной выживаемостью и медленным ростом. Большая часть из них погибает до достижения половой зрелости.
Светлая окраска и рисунок, в отличие от предыдущих типов окраски, являются доминантными признаками и проявляются у гибридов первого поколения.
Светлые карпы характеризуются устойчивой концентрацией меланина в центре меланофоров и в связи с этим похожи на обычных карпов, длительное время выдержанных на светлом фоне (рис. 10). Признак "светлая окраска" контролируется доминантным геном (L), обладающим летальным эффектом в гомозиготном состоянии. При скрещивании светлых карпов (LlxLl) в потомстве наблюдается расщепление на светлых и обычных темных рыб, которое вначале (на личиночных и мальковых стадиях) близко к 3:1. В дальнейшем относительное число светлых карпов уменьшается, при этом в первую очередь погибают очень светлые особи, по-видимому, гомозиготы LL (по ориентировочным подсчетам они составляют на ранних стадиях около 20 %). У сеголетков F2 при благоприятных условиях выращивания соотношение светлых (Ll) и темных (ll) рыб бывает близко к теоретически ожидаемому 2:1, но в большинстве случаев количество светлых рыб оказывается меньше ожидаемого. Гак, среди 2354 шт. сеголетков (потомков четырех скрещиваний ♀Llx ♂Ll) было 1376 шт. светлых и 978 шт. темных карпов. Суммарное соотношение светлых и темных составило 1,4:1 (от 1,2:1 до 1,8:1 в разных скрещиваниях) при теоретически ожидаемом соотношении 2:1. Такое соотношение светлых и темных рыб свидетельствует о пониженной жизнеспособности и гетерозигот Ll.

Ген светлой окраски оказывает влияние на многие другие признаки; рост (светлые карпы несколько крупнее темных), экстерьерные и интерьерные морфологические признаки, физиологические показатели. Светлые карпы отличаются также более спокойным поведением и при содержании в бассейнах быстро привыкают к человеку.
Рыбы с рисунком характеризуются наличием своеобразного светло-желтого орнамента на голове и такого же цвета (но более яркой) полосы вдоль основания спинного плавника.
Данный признак контролируется одним доминантным геном (D). При скрещивании особей с рисунком (гомозигот DD) и без рисунка (dd) все особи в F1 имеют рисунок. В скрещивании Dd x Dd и при анализирующем скрещивании (Dd x dd) наблюдаются менделевские соотношения — соответственно 3:1 и 1:1.

---