В селекционной практике часто возникает необходимость в определении генотипа чешуйчатых или линейных карпов по гену S (т. е. в идентификации гомо- и гетерозигот). Эта задача решается путем скрещивания чешуйчатых и линейных карпов с разбросанными (ss). Отсутствие в потомстве от такого скрещивания разбросанных карпов (при проверке линейных - разбросанных и голых) свидетельствует о гомозиготности проверяемого производителя по гену S. Отбор только гомозиготных чешуйчатых карпов (SSnn), выявленных с помощью анализирующего скрещивания, позволяет в дальнейшем избавиться от выщепления разбросанных особей.
Гены чешуйного покрова оказывают сильное влияние на многие другие признаки, обусловливая в целом очень большие различия между карпами четырех указанных типов. Перечень признаков, по которым карпы с разным типом чешуйного покрова обнаруживают различия, включает около 29 разных показателей, в том числе морфологические различия, биохимические и физиологические особенности, показатели продуктивности. Особенно велики различия между чешуйчатыми и разбросанными карпами (без гена N) и линейными и голыми (носителями гена N). В целом у линейных и голых карпов наблюдаются многочисленные отклонения от дикого типа и снижение жизнеспособности.
Ряд морфологических признаков, и прежде всего число мягких лучей в плавниках, используют в качестве дополнительных диагностических признаков в тех случаях, когда идентификация особи только по типу чешуйного покрова затруднена (например, как отмечалось выше, у многочешуйных разбросанных и линейных карпов). Для линейных и голых карпов (носителей гена N) характерны недоразвитие и уменьшение числа мягких (ветвистых) лучей в анальном и спинном плавниках (рис. 8). Анальный плавник имеет у них обычно 4 ветвистых луча (вместо пяти у чешуйчатых и разбросанных). При крайней степени редукции указанные плавники практически отсутствуют, а оставшиеся жесткие лучи образуют подобие культи. Редукция спинного и анального плавников служит бесспорным доказательством присутствия гена N.