Корни происхождения пресноводных рыб, как и всей пресноводной фауны, следует искать в море. Их родоначальниками были морские рыбы, в ту или другую геологическую эпоху переселившиеся из моря в реки и озера и в большей или меньшей степени видоизменившиеся и приспособившиеся к новому существованию. В одних случаях (как мы видели в предыдущей главе на примере лосося) это произошло недавно и чуть ли не совершается на наших глазах. Реликтовые формы лосося и нерки в озерах, форели и таймени в реках и ручьях мало изменились и остаются очень похожими на лосося или на его молодые формы. В других случаях мы имеем обширные группы рыб, очевидно уже в давние эпохи переселившихся в пресные воды и выработавших своеобразные приспособления, совершенно особое строение, заставляющее систематиков выделять их в отдельные семейства и даже отряды. Они сделались исключительно пресноводными обитателями, порвали все связи с морем, не имеют там даже сколько-нибудь родственных форм и если иногда и встречаются в таких замкнутых, полуопресненных морях, как три наши южные моря, то в качестве вторичных и временных поселенцев, привязанных к пресным водам и исключительно в них размножающихся. Такими, можно сказать, коренными жителями пресных вод являются все представители семейства карповых (Cyprinidae), занимающие господствующее положение в пресных водах Европы, Азии и Северной Америки. Судя по нахождению главнейших родов карповых рыб — Cyprinusy Cobio, Rhodeus, Leuciscus, Tinca, Aspius, Alburmis — в отложениях эоценового, олигоценового и миоценового периодов, надо думать, что они возникли еще в начале третичной эпохи в эоценовый период (а может быть и ранее) и уже в те времена населяли пресные воды средней Европы. Их морские прародители нам неизвестны, и сейчас ни один представитель обширного семейства карповых не живет исключительно в море, если оно не представляет собою сильно опресненного бассейна.
Столь же древними обитателями пресных вод являются, по-видимому, семейства ципринодонтов (Cyprinodontidae), харацинид (Characinidae) и сомовых (Siluridae), распространенные широко и представленные огромным количеством видов в тропических областях Южной и Центральной Америки, Африки и (сомовые) также Азии и Австралии. Представители этих семейств тоже никогда не встречаются в море, хотя близкие семейства сомообразных (Siluroidci), как, например, Ariidac и Plolosiduc, являются морскими рыбами. Впрочем, имеются в пресноводной фауне рыб и отдельные выходцы из типичных морских семейств, в давние времена переселившиеся в пресные воды и к ним приспособившиеся. Таковы пресноводные бычки (Cottidae), пресноводные окуневые (Percidae), — окунь, ерш, судак, а также единственный представитель тресковых (Gadidae) — налим (Lota lota L.), довольно близко родственный некоторым морским тресковым. Имеются в пресных водах и чрезвычайно древние формы, например миноги, но у них существуют как морские, так и проходные и настоящие пресноводные виды; когда образовались последние и являются ли они первичными или возникшими из морских, сказать трудно.
Надо думать, что заселение пресных вод морскими рыбами происходило во все геологические эпохи и продолжается еще и сейчас, как это доказывают не только лососи, но и многие другие проходные рыбы — многочисленные представители сигов, корюшки, колюшки, сельди. По-видимому, далеко не все группы морских рыб, а лишь очень немногие из них оказывались способными к переселению. Замечательно, например, что в пресных водах не акклиматизировался ни один вид из такой обширной и древней группы рыб, как селахии, явно избегающие опресненных областей моря. Все это показывает, что приспособление морских рыб к пресной воде — длительный исторический процесс, совершавшийся постепенно с большими трудностями. Очевидно, что он был связан со стадиями полупроходного и проходного образа жизни. Уже в силу этого, вероятно, миграционный инстинкт не затухает совершенно и у пресноводных рыб.