Нет единого мнения и о происхождении форелей. Существуют две гипотезы: о морском и о пресноводном происхождении. По мнению многочисленных приверженцев первой гипотезы, форели и лососи-морские рыбы - образовались от первичных проходных форм. Древние ископаемые остатки лососевых известны из пресноводных отложений, т.е. первичные лососевые обитали и происходили из пресных вод. Наступление ледника оттеснило их в море, где они хорошо росли, но не могли размножаться. Для икрометания они шли в реки и ручьи, используя короткий вегетационный период того времени. Молодь для нагула скатывалась в море. В процессе приспособления и удлинения теплого периода года одна часть лососей задерживалась в реках, превращаясь в жилые немигрирующие формы, другая часть продолжала совершать периодические миграции.
Таким образом, вторичное возвращение лососей в пресные воды способствовало их подразделению на проходные, полу-проходные и жилые формы. Сторонники этой гипотезы в качестве примера приводят проходную кумжу Salmo trutta L., которую считают прародительницей ручьевой форели, или пеструшки, Salmo trutta morpha fario L., и озерной Salmo trutta morpha Cacustric L.Из оставшейся в реке молоди кумжи или карликовых неотенических форм ее и образовалась современная форель. По Л.С. Бергу, севанские (и все кавказские) форели произошли от ручьевых форелей, приспособившихся к озерной жизни. Жилая радужная форель - речная форма стальноголового лосося Salmo gairdneri Rich. Их взаимосвязь аналогична отношению ручьевой форели к кумже S. trutta L. и. Л.С. Берг отмечает, что все лососи и форели бассейнов южных морей происходят от северных форм Salmo trutta. Появление же ручьевой форели в водоемах, где никогда не было кумжи, он объясняет активностью расселения самих жилых форм. Авторами и сторонниками этой гипотезы являются П.Ю. Шмидт, Л.С. Берг, Д.А. Панов и Т.И. Привольнев.
Сторонники второй гипотезы полагают, что форели и лососи - первично пресноводные рыбы, у которых выработалась привычка мигрировать к морю в поисках пищи или по иным причинам и возвращаться в родные реки для размножения.
По В.И. Владимирову, ручьевая форель не происходит от кумжи, а является родоначальником кумжи и других лососей. Поэтому ручьевую форель следует называть не S. trutta morpha fario, a Salmo fario.
В.В. Чернавин отмечает, что наличие карликовых форм, возвратного рефлекса и хорошо развитого плавательного пузыря свидетельствует о пресноводном происхождении лососей.
Основным доказательством пресноводного происхождения форелей и лососей является наличие пресноводных форелей в бассейнах тех рек, где отсутствуют проходные лососи и где их не было ранее. Отсутствие пресноводных форм у горбуши Oncorhynchus gorbusha, кеты О. keta и чавычи O. tschawytscha делает менее прочной позицию сторонников второй гипотезы.
По Г.П. Барачу, Д.А. Панову и Д.Х. Месхидзе, прямой и обратный процессы превращения форели в лосося продолжаются, и вся их молодь является единым фондом воспроизводству как форели, так и лосося.