Путем преобразования твердых и растворимых питательных веществ из откармливаемых организмов и их корма в используемые культуры и/или экстрагируемые организмы (и тем самым уменьшая возможность эвтрофикации), а также путем повышения экономической диверсификации, комплексная мультитрофическая аквакультура способствует экономической и экологической устойчивости. В связи с тем, что отбросы одного вида становятся питанием для другого, возникают опасения по поводу безопасности и качества пищи, связанные с возможностью загрязнения. Однако поскольку это новая практика, необходимо провести исследования в этой области, чтобы убедиться, что производимая подобным образом рыба не представляет опасности для потребителей.
Внимание потребителей, защитников окружающей среды и предпринимателей-новаторов также привлекает органическая аквакультура. Некоторые утверждают, что она в целом уменьшает воздействие отравляющих химических веществ, содержащихся в пестицидах, которые могут накапливаться в почве, воздухе, воде и продуктах, и тем самым сокращает угрозу здоровью потребителей. Другими ее достоинствами является то, что она сдерживает эрозию верхнего слоя почвы, улучшает плодородие почвы, предохраняет грунтовые воды и сберегает энергию. Кроме того, органические стандарты запрещают использование генной инженерии в производстве, что тоже успокаивает потребителей. Возрастающий интерес к органической аквакультуре вынудил правительства установить контроль над этой отраслью. Разрабатываются и испытываются стандарты и процедуры сертификации - они являются необходимыми инструментами, стимулирующими инвестиции. В связи с отсутствием международных стандартов заинтересованные стороны разрабатывают свои собственные специальные стандарты для органической аквакультуры и создают организации по аккредитации. Эти стандарты часто сильно различаются в зависимости от места, органа сертификации и видов.
Генетически модифицированные организмы (ГМО) по-прежнему являются предметом споров и в аквакультуре. Сторонники заявляют, что ГМО улучшают эффективность и прибыльность выращиваемых водных ресурсов и тем самым улучшают продовольственную обеспеченность. Противники утверждают, что они представляют большой риск для окружающей среды и, возможно, здоровья людей. И хотя все согласны, что следует установить контроль за ГМО, нет согласия относительно того, в чем такой контроль должен заключаться. Некоторые группы выступают за полное запрещение ГМО, другие призывают к обязательной маркировке генетически модифицированных продуктов питания и другой продукции, с тем чтобы предупредить потребителей о возможных последствиях для здоровья. Однако аквакультурная продукция ГМО еще не появилась на рынке.
Требования потребителей в отношении стандартов качества рыбы частично связаны с озабоченностью общества тем, что аквакультура наносит вред окружающей среде. Это недоверие людей к аквакультуре в некоторых местах приводит к правовым конфликтам, к давлению с целью объявления моратория и даже к случаям вандализма.
В некоторых случаях отношение к аквакультуре оказывает влияние на тех, кто принимает решение, заставляя их устанавливать контроль, а порой и запрещать развитие аквакультуры. Недавно проведенное ФАО исследование трудностей, с которыми сталкивается аквакультура в мире, показало, что респонденты во всех регионах, кроме Африки и Восточной Европы, полагают, что подобная оппозиция представляет угрозу ее будущему развитию. В некоторых регионах считается, что причиной оппозиции является дезинформация; в других причину этому видят в конкретных особенностях аквакультуры. Осознавая необходимость рассмотрения этих вопросов, ФАО и ее партнеры разработали руководство по сертификации аквакультуры. Эти рекомендации касаются здоровья и охраны животных, безопасности и качества продовольствия, целостности окружающей среды и социальной ответственности, связанной с аквакультурой.
Они обеспечивают руководство развитием, организацией и внедрением надежных систем сертификации аквакультуры. Их целью является: (i) убедить производителей, покупателей, потребителей и гражданское общество в качественности и безопасности продукции аквакультуры и (ii) обеспечить дополнительное средство поддержания ответственной и устойчивой аквакультуры.