Если возможно, следует избегать располагать хозяйства аквакультуры вблизи сельскохозяйственных угодий, однако большинство хозяйств аквакультуры в США расположено в районах с высокоразвитым земледелием не только из-за климата, но и потому, что многие рыбоводы занимаются еще и сельским хозяйством. Часто рыбу выращивают в прудах, расположенных по соседству с полями, засеянными кукурузой, рисом, бобами, хлопком или другими культурами, которые требуют применения пестицидов или гербицидов. Хлопковые поля, например, подвергаются обработке не менее 10 раз за сезон выращивания. При сильном ветре или даже при слабом, но в сторону прудов результат для аквакультуры может оказаться плачевным.
Некоторые рыбоводы, особенно занимающиеся выращиванием канального сомика и лангустов, применяют чередование культур, которое включает и водные организмы. Например, в Арканзасе в этом кругообороте участвуют рис, соевые бобы и лангусты. В настоящее время большинство применяемых гербицидов и пестицидов представляет собой быстро распадающиеся органофосфаты, а не печально знаменитые хлорированные углеводороды, которые преимущественно применялись несколько лет назад, и мало вероятно, чтобы их остатки передавались от одной культуры к другой, хотя в некоторых районах все еще имеются почвы с очень высоким содержанием хлорированных углеводородов. В таких районах перед закладкой хозяйства аквакультуры почву необходимо брать на анализ, который производится с помощью газожидкостной хроматографии; метод этот дорогостоящий, но затраты себя оправдывают.
Рыбы весьма чувствительны к действию большинства пестицидов, но еще более высокой чувствительностью отличаются ракообразные, поскольку они ближе к насекомым, для уничтожения которых предназначены пестициды. Гербициды могут вызвать непосредственную гибель рыб или привести к увеличению биохимического потребления кислорода вследствие уничтожения первичных продуцентов кислорода в системе культивирования. В результате возникает дефицит кислорода, который также приводит к высокой смертности, если не принять соответствующие меры.