Даже в мутной воде рыбоводных прудов интенсивность света у дна обычно превышает 1 % падающей, а в прудах, где это не так, свет все равно проникает на достаточную для обеспечения фотосинтеза глубину. В большинстве прудов происходит перемешивание, хотя может существовать и термоклин. В любом случае даже ограниченное перемешивание обеспечивает клеткам фитопланктона достаточное количество света ежедневно для поддержания их непрерывного роста. Если на дне рыбоводного пруда ощущается некоторый дефицит света, рост водных макрофитов может замедляться, что, как правило, выгодно для аквакультуры.
Скорость фотосинтеза зависит от количества доступного хлорофилла и наличия света определенных качества и количества. Кроме того, фотосинтез зависит от температуры. Обычно скорость химических реакций с повышением температуры возрастает, во всяком случае, в нормальном диапазоне температурной толерантности для выращиваемых видов. Таким образом, считается, что в теплое время года скорость фотосинтеза выше, чем зимой. Существуют, разумеется, некоторые виды растений и животных, которые лучше адаптированы к холодной воде, и в составе фитопланктона могут быть некоторые сезонные изменения. Тем не менее самые высокие уровни первичной продукции в умеренном климате наблюдаются в теплые месяцы при наличии необходимых питательных веществ.
В зеленых растениях присутствуют, по крайней мере, три типа хлорофилла: хлорофиллы a, b, c. Хлорофилл а наиболее важен с точки зрения поглощения энергии. Другие фотосинтезирующие растительные пигменты включают каротиноиды (каротин, лютеин, фукоксантин и перидинин) и билипротеины (фикоэритрин и фикоцианин). Стиман Нильсен (1975) установил, что другие пигменты помимо хлорофилла способны переносить поглощаемую ими энергию тому типу хлорофилла, который лучше других приспособлен для ее утилизации в процессе фиксации углерода. Остальные каротиноиды, по-видимому, принимают незначительное участие или вовсе не участвуют в фотосинтезе.