Устойчивого эпизоотического благополучия на лососевых рыбоводных заводах можно достигнуть при интегрированной системе защиты объектов рыбоводства и в первую очередь при своевременном и тщательном выполнении всего комплекса лечебных и профилактических мероприятий, предусматривающих высокий уровень ветеринарно-санитарной и рыбоводной культуры производства. Ветеринарно-санитарные правила для лососевых рыбоводных заводов изложены в Сборнике инструкций по борьбе с болезнями рыб. Сборник включает документы по организации ветеринарного надзора за рыбохозяйственными предприятиями и инструкции по борьбе с основными инфекционными и инвазионными болезнями рыб. Однако, основной упор здесь сделан на прудовые хозяйства и профилактику и контроль паразитарных инвазий, изучением которых в России занимаются с 30-х гг. XX века. Для лечения различных бактериозов предлагается использовать антибиотики в соответствии с инструкциями по их применению, а профилактика и контроль вирусных заболеваний лососей не соответствует мировому опыту и не препятствует вспышкам эпизоотий.
В лаборатории болезней рыб и беспозвоночных ФГУП КамчатНИРО выполняют работы по изучению этиологии болезней (вирусных, бактериальных, паразитарных, микозных и алиментарных), их дифференциальной диагностике, эпизоотическому мониторингу водоемов и оценке состояния здоровья молоди тихоокеанских лососей на ЛРЗ, а также разработке мер борьбы с заболеваниями рыб. От правильной и своевременной постановки диагноза зависит выбор лечебных препаратов и эффективность обработок. Кроме того, данные эпизоотического мониторинга базовых водоемов позволяют проводить целенаправленные мероприятия по профилактике и контролю определенных заболеваний и элиминируют проникновение патогенов на рыбоводные заводы.
Одной из причин, снижающей эффективность воспроизводства на лососевых рыбоводных заводах (ЛРЗ), является гибель молоди или ее неудовлетворительное физиологическое состояние от болезней различной этиологии. На камчатских ЛРЗ к таким заболеваниям относятся: вирусные (инфекционный некроз гемопоэтической ткани), бактериальные (псевдомоноз, миксобактериоз, аэромоноз), паразитарные (ихтиободоз, триходиниоз), микозные (ихтиофоноз) и алиментарные.
Ихтиободоз (костиоз) диагностировали у молоди нерки в 2000, 2002, 2004 гг. на MЛP3 и у молоди кижуча в 2004 г. на BЛP3. По результатам паразитологических исследований, экстенсивность (доля зараженных рыб в выборке) инвазии варьировала от 90 до 100%, интенсивность (среднее количество паразитов в органах и тканях одной зараженной рыбы в каждом из 25 полей зрения при увеличении х100), в основном, — от 10 до 50 экз. Исключение составила эпизоотия ихтиободоза у нерки на MЛP3 в 2002 г., когда в результате ослабления резистентности организма рыб под воздействием инфекционного некроза гемопоэтической ткани (IHN) интенсивность инвазии этим простейшим паразитом достигала 1164 экз.