Неотъемлемой частью племенной работы с рыбами является их мечение. Серийное мечение применяют для маркирования групп, различающихся по происхождению, возрасту и полу. Индивидуальное мечение, при котором каждая особь имеет свою метку, необходимо для учета производителей, их паспортизации, а также при специальных работах, таких, как оценка производителей по потомству, изучение возрастной и сезонной динамики селекционных признаков и т. п. Рыб метят обычно весной, при бонитировке, реже во время осеннего учета.
Способы мечения племенного материала должны удовлетворять следующим основным требованиям: метки должны быть хорошо различимыми, сохраняться длительное время и не травмировать рыб; техника мечения должна быть достаточно проста, не слишком трудоемка, при мечении нельзя допускать длительного пребывания рыбы вне воды.
Из числа известных способов мечения рыб указанным требованиям наиболее полно удовлетворяют следующие пять способов: подрезание плавников, мечение красителями, криоклеймение, мягкое термальное клеймение, выжигание меток раствором азотнокислого серебра (AgNO3). Выбор того или иного способа определяется конкретной целью мечения (серийное или индивидуальное, краткосрочное или долгосрочное) , а также зависит от вида рыб.
Наиболее широко в настоящее время используют подрезание плавников и мечение растворами красителей. Для рыб с мелкой чешуей удобным способом является криоклеймение.
Подрезание плавников (грудных, брюшных, хвостового) - наиболее простой способ серийного мечения. Плавники подрезают ножницами примерно на 2/3 их длины. В течение ближайшего после мечения вегетационного сезона плавники отрастают (особенно быстро у молодых рыб), однако на месте среза остается рубец, заметный в течение нескольких лет.
Подрезание парных плавников рекомендуется применять для мечения групп, различающихся по возрасту. Для маркировки групп, различающихся по полу, обычно подрезают хвостовой плавник; самкам подрезают верхнюю, самцам - нижнюю лопасти.
Мечение раствором красителей является эффективным способом при мечении рыб с крупной чешуей (чешуйчатые карпы, белые амуры и др.). Для мечения применяют стойкие холодно-водорастворимые красители, используемые в текстильной промышленности.