Когда-то в США широко применялись ртутные фунгициды, но теперь они запрещены из-за опасности для человека. В состав многих альгицидов до сих пор в качестве активного вещества входит медь. Поскольку медь более токсична для водорослей и других растений, чем для рыб, ее можно применять без опасений, необходимо только правильно рассчитывать дозировки. Ошибка в вычисленных дозировках может привести к образованию избыточной меди и созданию токсичных условий, что может вызвать гибель культивируемых животных. Такие показатели качества воды, как рН, жесткость, щелочность и температура, часто определяют безопасное для культивируемых животных количество пестицидов, гербицидов и других химических веществ. До внесения любого химического вещества необходимо внимательно прочитать этикетку и строго следовать инструкции.
Многие данные, приводимые в литературе по летальным концентрациям пестицидов, гербицидов и тяжелых металлов для водных организмов, основаны на остролетальных тестах, в которых определяются 24, 48, 72 или 96-часовые концентрации химического вещества, при которых погибает 50% популяции. Такие данные часто более информативны для экологов, изучающих влияние периодических или индивидуальных доз токсиканта в реке или эстуарии, чем для рыбовода, в пруды которого могут постоянно поступать небольшие количества химических веществ вместе с закачиваемой водой.
Для рыбоводства более полезны хронические биотесты, в которых животных подвергают действию низких концентраций токсикантов в течение длительного времени. В таких условиях гибель может и не наступить, но физиология животного настолько изменится, что рост и другие параметры значительно замедлятся или ухудшатся. Длительная экспозиция культивируемых животных при низких концентрациях пестицидов, гербицидов и тяжелых металлов может привести к тому, что содержание этих веществ в теле рыбы сделает ее непригодной в пищу. В большинстве случаев при строгом подходе к выбору места для строительства хозяйства аквакультуры и правильной эксплуатации системы водоснабжения такой риск может быть минимальным.