Культивирование фитопланктона в альгологически чистых условиях в рыбоводных хозяйствах, где большие количества водорослей необходимы в течение всего периода роста личинок, нерентабельно. Водоросли часто культивируют в стеклянных бутылях или в открытых емкостях из стекловолокна или пластмассы (нетоксичных). Соответствующую питательную среду (состав которой зависит от вида выращиваемых водорослей) добавляют в отфильтрованную воду каждой выростной емкости; затем емкости инокулируют определенным видом водорослей. Для разных культивируемых видов могут требоваться различные корма, или различные виды водорослей могут быть пригодны для одного выращиваемого организма. Для культивируемых микроводорослей необходимы яркий искусственный свет и аэрация, обеспечивающая циркуляцию воды. Благодаря циркуляции все клетки водорослей в каждой выростной емкости получают свет, оказываясь на поверхности. При соответствующих условиях клетки быстро размножаются и их концентрация достигает 10в6 экз. в 1 мл и больше. На практике новую культуру разводят через определенные интервалы времени, чтобы корм был доступен ежедневно при требуемой плотности клеток. Целесообразно иметь, по крайней мере, два выростных бассейна для каждого вида микроводорослей на случай прекращения развития водорослей в одном из них. Время от момента инокуляции до сбора урожая водорослей варьирует; но, как правило, оно составляет от 72 до 96 ч при оптимальных условиях. Если допустимы более низкие плотности клеток, продолжительность культивирования можно сократить.
При непрерывном выращивании водорослей в выростные емкости постоянно добавляется новая питательная среда, а центрифуга удаляет клетки водорослей с постоянной скоростью. Непрерывные системы для разведения водорослей требуют постоянного контроля для поддержания требуемого содержания питательных веществ и своевременного сбора урожая.
Для большинства объектов культивирования, за исключением моллюсков, которые на ранних стадиях развития питаются фитопланктоном исключительно или в сочетании с животным кормом, кормление водорослями спустя некоторое время можно прекратить. Например, морских креветок Penaeus sp. на послеличиночных стадиях можно кормить исключительно животным кормом (Hanson and Goodwin, 1977). Личинок морских рыб также можно содержать на фитопланктоне, хотя микроводоросли необходимы в основном для удаления продуктов обмена, а также могут служить дополнительным кормом (Arnold et al., 1977).