Из системы культивирования любых типов воду необходимо отводить, по крайней мере, время от времени. В проточных системах ежедневно используются большие объемы свежей воды и стоки из таких систем часто просто сливаются, а не подаются вновь в систему через отстойник. Качество воды, вытекающей из открытых систем, часто изменяется лишь незначительно по сравнению с качеством вновь поступающей в систему культивирования, особенно если она пробыла в системе недолго. Совсем иначе обстоит дело со сточными водами из замкнутой циркуляционной системы, которую спускают редко. Содержание питательных веществ в такой воде высоко, и она значительно отличается по качеству от первоначальной. Промежуточное положение между этими двумя крайними ситуациями занимают стоки из прудов и полузамкнутых интенсивных систем культивирования. В некоторых случаях вытекающая из них вода по качеству лучше, чем поступающая.
Качество воды, выпускаемой из системы культивирования в общественные воды, контролируется Агентством по охране окружающей среды и различными организациями.
В течение нескольких лет в Агентстве по охране окружающей среды разрабатывались предельно допустимые концентрации токсикантов в воде, выходящей из систем культивирования. Вначале предполагалось ввести разнообразные тесты на все стоки, в том числе анализ на содержание тяжелых металлов, а также на концентрацию питательных взвешенных веществ и биохимическое потребление кислорода (БПК). Однако к середине 70-х годов выяснилось, что из-за трудностей и затрат, связанных с получением данных, а главное из-за того, что большинство хозяйств аквакультуры не способны значительно изменить характеристики водоемов, в которые поступают их стоки, предполагаемые стандарты ограничились определением содержания осаждаемых взвешенных веществ. Это определение легко может быть выполнено путем помещения пробы сточной воды в устройство, называемое конусом Имгоффа. Воде дают отстояться в перевернутом градуированном конусе определенное время и затем определяют количество взвешенного вещества, скопившегося на дне конуса.