Максимальным разнообразием донной фауны отличаются участки с заиленными песчаными грунтами. Благоприятные условия обитания (обеспеченность гидробионтов пищей и довольно высокое содержание кислорода в придонных слоях воды) способствовали обильному заселению этого биотопа. Здесь встречаются представители многих групп зообентоса, но преобладают мелкие двустворчатые моллюски и личинки хиропомид (на их долю приходится до 70-80% всей биомассы бентоса). В среднем продуктивность заиленных песков в некоторых озерах достигает 8-10 г/м2.
Песчаная прибойная литораль обследованных водоемов характеризуется весьма однообразным и немногочисленным населением. Единично попадаются горошины, водные клещи, мелкие олигохеты и личинки хирономид (криптохирономы и танитарзины, иногда псевдохироном). Продуктивность этих участков невелика, обычно не более 1,5-2,0 г/м2, в отдельных озерах (Тетеркино и др.) - менее 0,1 г/м2.
Заиленно-зарослевая литораль большинства озер отличается преобладанием пело- и фитофильных форм, главным образом мелких брюхоногих моллюсков, личинок поденок, стрекоз, ручейников и хирономид.
Среди обследованных озер весьма богаты зообентосом озера Атлер, Мохман, Деревенское, Харьяцкое и др. В озерах Тетеркино, Упртур, Южное, Карасье, Палье, Угловое он почти полностью отсутствует.
Ихтиофауна обследованных водоемов Беленгутской системы представлена 11 видами (плотва, елец, пескарь, гольян, карась, язь, линь, ерш, окунь, щука, налим), но наибольшее значение из них имеют ерш, окунь, щука, карась и плотва.
Щука встречается почти во всех озерах, но по численности всегда уступает окуню. Основным объектом ее питания является молодь окуня, меньше - молодь щуки. В некоторых озерах в желудках щуки отмечались личинки стрекоз и другие беспозвоночные. В контрольных сетях она встречалась длиной от 30 до 70 см.
Окунь в исследованных водоемах распространен повсеместно, а во всех окунево-щучьих является преобладающим видом. Встречается он и в карасевых озерах, в замкнутых мезоацидных озерках с крайне низкими величинами рН среды (рН > 5,0).
Плотва в обследованных водоемах встречается сравнительно часто, но обычно в небольшом количестве. Населяет она только проточные и сточные озера, в заморные карасевые водоемы заходит лишь на период нереста и летнего нагула. Преобладающим видом является почти во всех пеляжьих и плотвично-окуневых озерах. Плотва предпочитает водоемы с нейтральной и слабокислой средой. Питается детритом, зоопланктоном и зообентосом. Водоемы полностью обепечивают пищевые потребности плотвы, поэтому в большинстве озер она характеризуется сравнительно хорошим ростом.
Карась серебряный встречается главным образом в заморных озерах. В обследованных озерах карась растет сравнительно быстро.
Карась золотой живет обычно в тех же озерах, что и карась серебряный, но никогда не достигает высокой численности. Темп роста карася довольно высокий, но по размерам он заметно уступает карасю серебряному.