Количество свободной углекислоты (СO2) сравнительно невелико. Летом она присутствует в концентрации от 0,8 до 18 мг/л. В зимний период в таких озерах, как Кытыл-Эмтор, Калач, Окуневое, Белое, отмечалось повышенное содержание углекислоты (16,4-49,2 мг/л). Накопление ее идет в основном за счет окисления торфяных частиц ила в некоторой степени за счет дыхания водных организмов. В то же время поглощение СО2 в процессе фотосинтеза растений протекает замедленно из-за слабого развития фитопланктона и макрофитов. В распределении СО2 ясно выражена обратная стратификация. Почти везде ее содержание понижается в поверхностных горизонтах и повышается в придонных.
Перманганатная окисляемость воды, характеризующая количество легкоминерализующихся органических веществ в водоеме, колеблется от 1,4 до 140,4 мг О2/л. Наиболее высокая окисляемость наблюдается в летние месяцы. Это объясняется тем, что в толще воды оказывается значительное количество органического вещества, поднятого со дна в результате ветрового перемешивания. Кроме того, некоторая часть органики попадает в водоемы с болот. Зимой перманганатная окисляемость понижена и колеблется от 1 до 5,2 мг О2/л.
Кислородный режим озер разнообразен. В период открытой воды содержание растворенного в воде кислорода составляет обычно 8-14 мг/л (80-140% нормального насыщения). Летних заморных явлений не наблюдается. Лишь в некоторых вытекающих из озер речках (Холсья, Турунтайка), где скапливается много рыбы, отмечаются заморы. Проявляются они обычно в период резкого повышения температуры воды до 27-28° и массового развития водорослей в озерах.
В последний период, когда доступ кислорода из атмосферы и фотосинтетические процессы почти, прекращаются, а окислительные процессы продолжаются, количество растворенного в воде кислорода заметно понижается. В зависимости от количества присутствующей в воде органики и интенсивности процессов ее окисления изменяется и количество растворенного в воде кислорода.
В водоемах с богатой органикой процессы окисления идут очень интенсивно, и к февралю-марту, а в некоторых озерах и раньше, содержание кислорода снижается до 0,5-1,5 мг/л (заморные водоемы). Озера с менее богатой органикой имеют более благоприятный кислородный режим. Содержание кислорода в их воде к наиболее критическому периоду (март-апрель) уменьшается до 2-2,5 мг/л (полузаморные озера). В озерах с небольшими запасами органических веществ на процессы окисления расходуется минимальное количество кислорода, и содержание его в них всегда остается высоким - до 10-14 мг/л (незаморные водоемы).