Рассмотренные особенности в развитии зоопланктона и зообентоса обследованных озер в значительной степени зависят от трофического типа водоема и величины активной реакции среды. Как показали результаты анализа состава фауны водоемов разного трофического типа и с разными показателями рН, в большинстве случаев наблюдается прямая зависимость между трофическим типом водоема и количеством встреченных видов. По мере перехода от эвтрофных озер к олиготрофным отмечается обеднение видового состава зоопланктона, а также частичная замена одних форм другими. Характерные для эвтрофных озер Daphnia longispina, Diaphanosoma brachyurum и некоторые другие виды в мезотрофных и особенно в олиготрофных озерах становятся малочисленными или полностью исчезают.
Заметно проявляются различия в развитии фауны озер с разными величинами активной реакции. Например, если в нейтрально-щелочных озерах обнаружено более 40 видов, то в мезоацидных - всего 19 видов планктонных рачков и коловраток.
Бедность видового состава зоопланктона озер с низкими показателями рН объясняется отрицательным влиянием на развитие беспозвоночных свободных ионов водорода, действие которых, по мнению С.Н. Скадовского, оказывается сходным с действием ионов тяжелых металлов. Последние, как известно, являются ядами общего действия и даже в малых дозах нарушают основные процессы жизнедеятельности многих водных организмов.
Подобное же явление наблюдается при сравнении состава зообентоса озер разных трофических типов и с разными показателями рН. Наиболее разнообразна донная фауна в эвтрофных нейтрально-щелочных озерах. Минимальное количество видов встречено в олиготрофных мезоацидных водоемах. Например, в последних встречено в 3 раза меньше видов зообентоса, чем в олиготрофных озерах. Указанная закономерность отмечается и на малых озерах Северо-Запада России.
При переходе от нейтрально-щелочной реакции среды к кислой наблюдаются изменения в видовом составе и численности отдельных видов. Например, в озерах Вандтаутур, Долгий Сор, Хулым-Сыртып, характеризующихся повышенными величинами рН, наряду с эвриионными видами Bosmina longirostris, Diaphanosoma brachyurum, Eudiaptomus gracilis в значительном количестве встречаются алкалифильные формы Daphnia longispina, Leptodora kindtii, Heterocope appendiculata, Cyclops strenuus. В олиго- и мезоацидных озерах доминируют эвриионные и ацидофильные виды Holopedium gibberum, Bosmina obtusirostris lacustris.
Примерно то же самое происходит с донной фауной. Если в нейтрально-щелочных водоемах широко распространены личинки хирономид рода хирономус, то в мезоацидных преобладают некоторые Orthocladiinae и Procladius sp. Из моллюсков в озерах с кислой средой встречаются только горошины, а из личинок ручейников - цирнус. Количественно фауна беспозвоночных наиболее развита в эвтрофных нейтрально-щелочных озерах.